（首先推荐public Library of Bioinformatics的《SAM格式》和《Bowtie2使用方法与参数详细介绍》两篇文章，有不足处希望大家提出） 1，简介： 文件后缀名:.sam ...

1，简介： 文件后缀名:.sam Bismark是一种基于Bowtie的分析BS-Seq(一种甲基化测序方法)数据的软件，包括read mapping和methylation calling。其中re...

前几天在生物之窗提了一个关于利用SamTools统计reads问题，链接地址：http://home.plob.org/question/63 结合PLOB上几位网友的建议和自己收集的资料，在这里与大...

SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件，不同的时期，不同...

Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 li...

名称: samtools Sequence Alignment/Map (SAM)格式的应用程序 语法: samtools view ‐bt ref_list.txt ‐o aln.bam aln.s...

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools....

BWA的安装 1.下载BWA [code lang="bash"]wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar...

一、引子————边界检测 我们来看一个最简单的例子：“边界检测（edge detection）”，假设我们有这样的一张图片，大小8×8： 图片中的数字代表该位置的像素值，我们知道，像素值越大，颜色越亮...

1 Enrichment score（ES） ES是GSEA最初的结果，反应全部杂交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理：扫描排序序列，当出现一个功能集中的gene时，增...