推荐一个SAM文件中flag含义解释工具

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所属分类:Bioinformatics

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf

很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了。

该脚本的使用方法如下截图所示:

推荐一个SAM文件中flag含义解释工具

脚本工具的使用方法:

将下面的代码保存在记事本里面,另存为一个html文件,如文件名:FlagExplain.html(拓展名一定要为.html)。双击既可以在浏览器里面打开了。

 

 

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目前评论:3   其中:访客  2   博主  0   引用   1

    • freeknighter freeknighter 0

      挺好用的,本来想自己设计个脚本的,看到这儿还是网页版的!!

      • lx3325360 lx3325360 0

        非常好用哎!Thanks!

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        • samtools基本命令实例 | Public Library of Bioinformatics