Bioinformatics利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling 运行samtools faidx和pileups 前期请先阅读《序列比对工具的对比》 # 我们现在有bwa.bam和bow.bam两个文件。 # Pileup的输出。wgsim模拟器生成的低质量rea... 02月25日14,285评论samtools SNP 阅读全文
Bioinformatics被忽视的Samtools参数 Samtools是一个用于操作序列比对结果sam和bam文件的工具合集。 sam文件格式 SAM格式由两部分组成:头部区和比对区,都以tab分列。 头部区:以’@’开始,体现了比对的一些总体信息。比对... 02月20日7,057评论sam samtools 阅读全文
BioinformaticsPileup格式介绍 Pileup format is first used by Tony Cox and Zemin Ning at the Sanger Institute. It desribes the base... 02月07日1,856评论Pileup samtools 阅读全文
Bioinformaticssamtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以... 01月26日48,9942samtools 使用教程 阅读全文
BioinformaticsSAM/BAM文件处理 当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件... 01月08日22,0741 sam samtools 阅读全文
BioinformaticsSAM/BAM格式中利用FLAG值部分进行统计 前几天在生物之窗提了一个关于利用SamTools统计reads问题,链接地址:http://home.plob.org/question/63 结合PLOB上几位网友的建议和自己收集的资料,在这里与大... 12月03日7,8751 sam samtools 阅读全文
TranscriptomicsTopHat的安装与使用 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions)。 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bo... 10月23日13,8711 RNA-seq samtools 阅读全文
Bioinformaticssamtools基本命令实例 Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 li... 02月04日9,8741 sam samtools 阅读全文
Bioinformaticssamtools使用方法 名称: samtools Sequence Alignment/Map (SAM)格式的应用程序 语法: samtools view ‐bt ref_list.txt ‐o aln.bam aln.s... 02月04日19,293评论sam samtools 阅读全文
Bioinformatics推荐一个SAM文件中flag含义解释工具 SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址:http://samtools.... 02月04日14,1323sam samtools 阅读全文