运行samtools faidx和pileups 前期请先阅读《序列比对工具的对比》 # 我们现在有bwa.bam和bow.bam两个文件。 # Pileup的输出。wgsim模拟器生成的低质量rea...
利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling
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被忽视的Samtools参数
Samtools是一个用于操作序列比对结果sam和bam文件的工具合集。 sam文件格式 SAM格式由两部分组成：头部区和比对区，都以tab分列。 头部区:以’@’开始，体现了比对的一些总体信息。比对...
Pileup格式介绍
Pileup format is first used by Tony Cox and Zemin Ning at the Sanger Institute. It desribes the base...
samtools常用命令详解
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以...
SAM/BAM文件处理
当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件...
SAM/BAM格式中利用FLAG值部分进行统计
前几天在生物之窗提了一个关于利用SamTools统计reads问题，链接地址：http://home.plob.org/question/63 结合PLOB上几位网友的建议和自己收集的资料，在这里与大...
TopHat的安装与使用
TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上，从而鉴定可变剪切（exon-exon splice junctions）。 安装 最简单的安装方法，注意版本 下载Bo...
samtools基本命令实例
Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 li...
samtools使用方法
名称: samtools Sequence Alignment/Map (SAM)格式的应用程序 语法: samtools view ‐bt ref_list.txt ‐o aln.bam aln.s...
推荐一个SAM文件中flag含义解释工具
SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools....