Samtools是一个用于操作序列比对结果sam和bam文件的工具合集。 sam文件格式 SAM格式由两部分组成：头部区和比对区，都以tab分列。 头部区:以’@’开始，体现了比对的一些总体信息。比对...
被忽视的Samtools参数
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htseq-count使用方法和参数简要说明
htseq-count是一款用于reads计数的轻便软件，作者介绍说可以用于多种mapping软件的输出结果，而我则用于tophat2的输出文件做计数。不过貌似所有能转换为sam格式文件的输出都可以用...
SAM文件格式介绍
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是： 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比...
SAM/BAM文件处理
当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件...
SAM格式-Bowtie2（简要介绍）
（首先推荐public Library of Bioinformatics的《SAM格式》和《Bowtie2使用方法与参数详细介绍》两篇文章，有不足处希望大家提出） 1，简介： 文件后缀名:.sam ...
SAM格式-Bismark（简要说明）
1，简介： 文件后缀名:.sam Bismark是一种基于Bowtie的分析BS-Seq(一种甲基化测序方法)数据的软件，包括read mapping和methylation calling。其中re...
SAM/BAM格式中利用FLAG值部分进行统计
前几天在生物之窗提了一个关于利用SamTools统计reads问题，链接地址：http://home.plob.org/question/63 结合PLOB上几位网友的建议和自己收集的资料，在这里与大...
SAM格式
SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件，不同的时期，不同...
Tablet:Next Generation Sequence Assembly Visualization
Tablet is a lightweight, high-performance graphical viewer for next generation sequence assemblies a...
samtools基本命令实例
Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 li...