被忽视的Samtools参数 Bioinformatics

被忽视的Samtools参数

Samtools是一个用于操作序列比对结果sam和bam文件的工具合集。 sam文件格式 SAM格式由两部分组成:头部区和比对区,都以tab分列。 头部区:以’@’开始,体现了比对的一些总体信息。比对...
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SAM文件格式介绍 Bioinformatics

SAM文件格式介绍

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1  序列是一对序列中的一个 2  比对结果是一个pair-end比...
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SAM/BAM文件处理 Bioinformatics

SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件...
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SAM格式 Glossary

SAM格式

SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件,不同的时期,不同...
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