bwa和samtools的安装

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BWA的安装
1.下载BWA
[code lang="bash"]wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2/download ./[/code]
2.解压
[code lang="bash"] tar jxvf bwa-0.5.9rc1.tar.bz2[/code]
3.编译
[code lang="bash"]
cd bwa-0.5.9rc1
make
[/code]

Samtool安裝
1.下载Samtool
[code lang="bash"] wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-0.1.13.tar.bz2/download ./[/code]
2.解压Samtool
[code lang="bash"] tar jxvf samtools-0.1.13.tar.bz2[/code]
3.安装
[code lang="bash"]
cd samtools-0.1.13
make
[/code]
之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面

最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH
[code lang="bash"]
cd
vi .bash_profile
[/code]
在export PATH之前加入 PATH=$PATH:bwa的绝对路径:samtool的绝对路径,保存退出。

重新打开Shell事就可以直接使用bwa和Samtool了

祝你好运!

评论  5  访客  2  作者  2
    • xysheep 3

      是这样做吗????我记得得先把samtool的路径添加到PATH下,然后再在bwa目录中做make。否则make会报错。

      另外,samtools现在的版本好像不需要自己make了。

        • ybzhao

          @ xysheep bwa 和samtools是两个软件,安装是相互独立的。最新的版本我没用过,我用到的版本samtools-0.1.17 还是需要make编译的。

        • pwh 0

          cd samtools-0.1.13输入这个指令 后 No such file or directory
          怎么办

          • ybzhao

            test

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