bwa和samtools的安装

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所属分类:Bioinformatics

BWA的安装
1.下载BWA
wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2/download ./
2.解压
tar jxvf bwa-0.5.9rc1.tar.bz2
3.编译

cd bwa-0.5.9rc1
make

Samtool安裝
1.下载Samtool
wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-0.1.13.tar.bz2/download ./
2.解压Samtool
tar jxvf samtools-0.1.13.tar.bz2
3.安装

cd samtools-0.1.13
make

之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面

最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH

cd
vi .bash_profile

在export PATH之前加入 PATH=$PATH:bwa的绝对路径:samtool的绝对路径,保存退出。

重新打开Shell事就可以直接使用bwa和Samtool了

祝你好运!

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目前评论:5   其中:访客  2   博主  2   引用   1

    • avatar xysheep 3

      是这样做吗????我记得得先把samtool的路径添加到PATH下,然后再在bwa目录中做make。否则make会报错。

      另外,samtools现在的版本好像不需要自己make了。

        • avatar ybzhao Admin

          @xysheep bwa 和samtools是两个软件,安装是相互独立的。最新的版本我没用过,我用到的版本samtools-0.1.17 还是需要make编译的。

        • avatar pwh 0

          cd samtools-0.1.13输入这个指令 后 No such file or directory
          怎么办

          • avatar ybzhao Admin

            test

          • 来自外部的引用: 1

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