GeneBank提交数据类型简介

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所属分类:Bioinformatics

向GenBank提交数据提交序列有两种方式,一个是在线的页面提交序列bankit,另一个是通过NCBI的Sequin软件提交序列。从使用方便性上来说,两者均需要填写所必须的各项资料,也都是很麻烦,但后者也以同时提交多项序列,而且不会因为网络错误而导致已填写的数据丢失,还是更有利一些。使用起来都是比较简单的,按照页面或者软件的说明一步一步填写即可。

提交序列后,系统会暂时给你分配一个临时的序列号,等到你的序列经过初步审核后会得到正式的Genbank序列号或登录号。你可以对你的序列随时进行修改和补充其他相关资料。

关于提交序列数据,收到 accession number,和对纪录作更新的一般信息。

· BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。(请在提交前用VecScreen 去除载体)

· Sequin - 提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用,或者用基于TCP/IP的"network aware"模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。(请在提交前用VecScreen去除载体)

· ESTs - 表达序列标签,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和 RACE 实验的 cDNA 序列。

· GSSs - 基因组调查序列,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap 获得的序列,cosmid/BAC/YAC 末端,及其他。

· HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列,未完成的(阶段0,1,2)和完成的(阶段3)序列。(注意:完成的人类的HTG序列可以同时在 GenBank 和 Human Genome Sequencing页面上访问。)

· STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。

· 注:SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中(dbSNP)

 

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