数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of...
CellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载
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跟着官网学习单细胞Monocle3
前言 Monocle的官网在： 版本2：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#installing-monocle 版本3...
单细胞测序中如何对低质量细胞进行质控检验
1 低质量细胞的影响 细胞破坏后，可能会导致线粒体或核RNAs占比升高（就是上面解释的大量细胞质中mRNA流失，而线粒体或核RNAs含量基本不变），很有可能会根据这个结果形成自己的一个个cluster...
single cell单细胞测序分析教程
1 前言 依旧是我的传统：不🙅♀️翻译 并结合自己的知识尝试加入自己的理解 这次的官方教程主要介绍使用简单数据集（Lun et al. 2017）来走scRNA的分析流程。这个数据集中包含2个96孔...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（上）
什么是批次效应？ 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章：https://www.natu...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（中）
第二个数据--CEL-seq2, GSE85241 Muraro et al. (2016) 利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的 https://www.ncbi.nlm.nih.g...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（下）
三组不同数据的混合 我们可以从每个数据集（也就是每个批次）中挑选前1000个生物学差异最大的基因 还记得之前是如何得到每个数据集的HVGs吗？主要利用trendVar、decomposeVar，另外存...
单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）
主编评语这篇文章最好的地方不只在于推荐了工具，提供了一套分析流程，更在于详细介绍了有哪些方法可用、什么时候用哪些方法和有什么注意事项。这也是我们易生信培训过程中广泛讨论的问题。 Abstract 单细...
单细胞测序方法比较
导读 在单细胞研究的大潮中，新的测序方法层出不穷。不过，很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队，在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单...
Seurat进行单细胞RNA-seq数据整合
单细胞RNA-seq很大的特点是数据量大，数据噪声高。因此在对一些特别小的类群进行分析，或者增加数据量降噪的情况下，我们往往需要将多个单细胞RNA-seq的数据集整合起来，这些数据集可能来自不同的研究...