Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载 数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of... 11月08日3,234评论CellRanger 单细胞 阅读全文
Single Cell跟着官网学习单细胞Monocle3 前言 Monocle的官网在: 版本2:https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#installing-monocle 版本3... 11月08日9,303评论Monocle 单细胞 阅读全文
Single Cell单细胞测序中如何对低质量细胞进行质控检验 1 低质量细胞的影响 细胞破坏后,可能会导致线粒体或核RNAs占比升高(就是上面解释的大量细胞质中mRNA流失,而线粒体或核RNAs含量基本不变),很有可能会根据这个结果形成自己的一个个cluster... 11月07日3,700评论单细胞测序 数据质控 阅读全文
Single Cellsingle cell单细胞测序分析教程 1 前言 依旧是我的传统:不🙅♀️翻译 并结合自己的知识尝试加入自己的理解 这次的官方教程主要介绍使用简单数据集(Lun et al. 2017)来走scRNA的分析流程。这个数据集中包含2个96孔... 11月07日7,407评论single cell 单细胞测序 阅读全文
Single Cell单细胞转录组数据校正批次效应实战(上) 什么是批次效应? 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞,这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致,另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章:https://www.natu... 11月07日2,653评论单细胞 批次效应 阅读全文
Single Cell单细胞转录组数据校正批次效应实战(中) 第二个数据--CEL-seq2, GSE85241 Muraro et al. (2016) 利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的 https://www.ncbi.nlm.nih.g... 11月07日969评论单细胞 阅读全文
Single Cell单细胞转录组数据校正批次效应实战(下) 三组不同数据的混合 我们可以从每个数据集(也就是每个批次)中挑选前1000个生物学差异最大的基因 还记得之前是如何得到每个数据集的HVGs吗?主要利用trendVar、decomposeVar,另外存... 11月07日1,904评论单细胞 阅读全文
Single Cell单细胞RNA测序分析的最佳实践教程(原理、代码和评述) 主编评语这篇文章最好的地方不只在于推荐了工具,提供了一套分析流程,更在于详细介绍了有哪些方法可用、什么时候用哪些方法和有什么注意事项。这也是我们易生信培训过程中广泛讨论的问题。 Abstract 单细... 06月29日8,830评论single cell 单细胞测序 阅读全文
Single Cell单细胞测序方法比较 导读 在单细胞研究的大潮中,新的测序方法层出不穷。不过,很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队,在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单... 06月16日7,844评论单细胞测序 阅读全文
Single CellSeurat进行单细胞RNA-seq数据整合 单细胞RNA-seq很大的特点是数据量大,数据噪声高。因此在对一些特别小的类群进行分析,或者增加数据量降噪的情况下,我们往往需要将多个单细胞RNA-seq的数据集整合起来,这些数据集可能来自不同的研究... 04月16日4,110评论Seurat 单细胞 阅读全文