欢迎光临!
登录

Public Library of Bioinformatics Public Library of Bioinformatics

  • 首页
  • 分类文章
    • Bioinformatics
    • Machine Learning
    • Transcriptomics
    • Genomics
    • Single Cell
    • Epigenetics
    • Statistics
    • Script
    • Evolution
    • Glossary
    • ncRNA
    • Advance
    • Popular Science
  • 在线文档
    • ggplot2画图教程
    • 鸟哥的Linux私房菜
    • Perl教程
    • 机器学习
  • 关于我们
  • 站内
  • 百度
  • 谷歌
  • 必应
  • 360
  • 搜狗
首页Single Cell第 5 页
Single Cell

Seurat进行单细胞RNA-seq聚类分析

由于最近的课题需要使用单细胞数据,因此开始学习单细胞的一系列分析方法和流程,这里就记录一下使用seurat进行单细胞RNA-seq聚类分析的流程,包括一些降维的知识,函数的调用等等。降维算是一件不大不...
04月16日3,683评论Seurat 单细胞
阅读全文
Single Cell

单细胞数据质控-双细胞预测-scrublet使用教程

在分析scRNA-seq数据之前,我们必须确保所有细胞barcode均与活细胞相对应。通常基于三个QC协变量执行细胞QC(Quality control): 每个barcode的数量 每个barcod...
04月16日1,416评论单细胞测序
阅读全文
Single Cell

单细胞轨迹分析知多少–拟时间分析方法比较

单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。使用轨迹推断(TI,trajectory inference)的方法可以根据测序的细胞之间表达模式...
04月16日1,848评论单细胞 轨迹分析
阅读全文
Single Cell

单细胞分析之NMF(非负矩阵分解)

NMF算法简介 NMF是什么? 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)本质上说是一种矩阵分解的方法,对于任意给定的一个非负矩阵V,NMF算法能够寻...
04月06日499评论NMF 非负矩阵分解
阅读全文
Single Cell

单细胞分析之DoubletFinder

背景知识 Doublets及其形成的原因 单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞,但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况,业内称之为doublets或multi...
04月06日181评论DoubletFinder 单细胞测序
阅读全文
Single Cell

一分钟读懂单细胞测序

单细胞测序技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。 2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well...
03月29日2,027评论single cell 单细胞测序
阅读全文
Single Cell

利用Bioconductor实现scRNA-seq数据的分析

Bioconductor提供了完成单细胞转录组分析所需的大量软件包,本综述向我们展示了如何利用Bioconductor实现整个分析流程 Introduction Bioconductor 是一个基于 ...
03月02日73评论scRNA-Seq 单细胞
阅读全文
Single Cell

单细胞转录组数据轨迹预测方法的比较

单细胞转录组学数据能够用于推断轨迹,从而对细胞动态变化过程进行无偏倚研究。本文中,作者对45种轨迹预测方法进行了评估,并为研究者选择合适的软件方法提出了实质性的指导意见。 Introduction 单...
03月02日76评论单细胞 轨迹预测
阅读全文
Single Cell

cell ranger分析结果详细解读

cell ranger输出结果目录结构如下所示 ├── analysis │ ├── clustering │ ├── diffexp │ ├── pca │ └── tsne ├── cloupe....
02月18日117评论CellRanger
阅读全文
Single Cell

单细胞测序数据处理知识

简史其实单细胞测序已有十年的历史了,十年来,通量不断提升,成本不断降低,已经到了“旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家”的历史阶段。不信请看《Nature Methods》2013年度技术;《Nature》...
02月11日2,579评论单细胞测序
阅读全文

文章导航

1 2 3 4 5 6 7

赞助链接




随机文章

  • Liger单细胞多组学分析:RNA-seq与ATAC-seq 09/16 741
  • Liger单细胞多组学分析:seurat与liger 09/16 1,640
  • 单细胞RNA-seq分析介绍 08/10 82
  • 系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(三) 12/18 3,363
  • Liger单细胞多组学分析:整合单细胞RNA-seq数据集 09/16 1,412
  • single cell单细胞测序分析教程 11/07 7,610
Copyright © 2011-2023 Public Library of Bioinformatics (PLoB). All Rights Reserved. Sitemap