由于最近的课题需要使用单细胞数据，因此开始学习单细胞的一系列分析方法和流程，这里就记录一下使用seurat进行单细胞RNA-seq聚类分析的流程，包括一些降维的知识，函数的调用等等。降维算是一件不大不...
Seurat进行单细胞RNA-seq聚类分析
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单细胞数据质控-双细胞预测-scrublet使用教程
在分析scRNA-seq数据之前，我们必须确保所有细胞barcode均与活细胞相对应。通常基于三个QC协变量执行细胞QC（Quality control）： 每个barcode的数量 每个barcod...
单细胞轨迹分析知多少–拟时间分析方法比较
单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。使用轨迹推断（TI，trajectory inference）的方法可以根据测序的细胞之间表达模式...
单细胞分析之NMF(非负矩阵分解)
NMF算法简介 NMF是什么？ 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)本质上说是一种矩阵分解的方法，对于任意给定的一个非负矩阵V，NMF算法能够寻...
单细胞分析之DoubletFinder
背景知识 Doublets及其形成的原因 单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞，但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况，业内称之为doublets或multi...
一分钟读懂单细胞测序
单细胞测序技术自2009年问世，2013年被Nature Methods评为年度技术以来，越来越多地被应用在科研领域。 2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well...
利用Bioconductor实现scRNA-seq数据的分析
Bioconductor提供了完成单细胞转录组分析所需的大量软件包，本综述向我们展示了如何利用Bioconductor实现整个分析流程 Introduction Bioconductor 是一个基于 ...
单细胞转录组数据轨迹预测方法的比较
单细胞转录组学数据能够用于推断轨迹，从而对细胞动态变化过程进行无偏倚研究。本文中，作者对45种轨迹预测方法进行了评估，并为研究者选择合适的软件方法提出了实质性的指导意见。 Introduction 单...
cell ranger分析结果详细解读
cell ranger输出结果目录结构如下所示 ├── analysis │ ├── clustering │ ├── diffexp │ ├── pca │ └── tsne ├── cloupe....
单细胞测序数据处理知识
简史其实单细胞测序已有十年的历史了，十年来，通量不断提升，成本不断降低，已经到了“旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”的历史阶段。不信请看《Nature Methods》2013年度技术；《Nature》...