Single CellSeurat进行单细胞RNA-seq聚类分析 由于最近的课题需要使用单细胞数据,因此开始学习单细胞的一系列分析方法和流程,这里就记录一下使用seurat进行单细胞RNA-seq聚类分析的流程,包括一些降维的知识,函数的调用等等。降维算是一件不大不... 04月16日3,683评论Seurat 单细胞 阅读全文
Single Cell单细胞数据质控-双细胞预测-scrublet使用教程 在分析scRNA-seq数据之前,我们必须确保所有细胞barcode均与活细胞相对应。通常基于三个QC协变量执行细胞QC(Quality control): 每个barcode的数量 每个barcod... 04月16日1,416评论单细胞测序 阅读全文
Single Cell单细胞轨迹分析知多少–拟时间分析方法比较 单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。使用轨迹推断(TI,trajectory inference)的方法可以根据测序的细胞之间表达模式... 04月16日1,848评论单细胞 轨迹分析 阅读全文
Single Cell单细胞分析之NMF(非负矩阵分解) NMF算法简介 NMF是什么? 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)本质上说是一种矩阵分解的方法,对于任意给定的一个非负矩阵V,NMF算法能够寻... 04月06日499评论NMF 非负矩阵分解 阅读全文
Single Cell单细胞分析之DoubletFinder 背景知识 Doublets及其形成的原因 单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞,但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况,业内称之为doublets或multi... 04月06日181评论DoubletFinder 单细胞测序 阅读全文
Single Cell一分钟读懂单细胞测序 单细胞测序技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。 2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well... 03月29日2,027评论single cell 单细胞测序 阅读全文
Single Cell利用Bioconductor实现scRNA-seq数据的分析 Bioconductor提供了完成单细胞转录组分析所需的大量软件包,本综述向我们展示了如何利用Bioconductor实现整个分析流程 Introduction Bioconductor 是一个基于 ... 03月02日73评论scRNA-Seq 单细胞 阅读全文
Single Cell单细胞转录组数据轨迹预测方法的比较 单细胞转录组学数据能够用于推断轨迹,从而对细胞动态变化过程进行无偏倚研究。本文中,作者对45种轨迹预测方法进行了评估,并为研究者选择合适的软件方法提出了实质性的指导意见。 Introduction 单... 03月02日76评论单细胞 轨迹预测 阅读全文
Single Cellcell ranger分析结果详细解读 cell ranger输出结果目录结构如下所示 ├── analysis │ ├── clustering │ ├── diffexp │ ├── pca │ └── tsne ├── cloupe.... 02月18日117评论CellRanger 阅读全文
Single Cell单细胞测序数据处理知识 简史其实单细胞测序已有十年的历史了,十年来,通量不断提升,成本不断降低,已经到了“旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家”的历史阶段。不信请看《Nature Methods》2013年度技术;《Nature》... 02月11日2,579评论单细胞测序 阅读全文