背景 scRNA-seq 数据的计算分析包括质控，比对，定量，标准化，聚类，轨迹分析以及差异表达基因的鉴定等，其中聚类是给予转录组数据定义细胞类型的一个核心步骤，也是 scRNA-seq 最广泛的应用...
单细胞转录组数据无监督聚类
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单细胞测序数据整合中的批次效应
在数据分析的时候，我们的目标是找到样本之间真实的生物学差异。但是这种真实的生物学因素往往会受到各种因素影响，举几个场景 不同样本 同一样本的生物学重复 同一样本的技术重复 同一样本在同一个实验室由同一...
Liger单细胞多组学分析：整合单细胞RNA-seq数据集
介绍完liger的数学原理，我们便可以来跑一跑liger的流程，并对liger的数学原理和参数选择有更深刻的理解。我们可以在GitHub上找到liger的码源以及相关的教程，本文也主要翻译自GitHu...
单细胞测序综述
1、单细胞测序概论 过去二十几年里，随着基因测序技术水平的提高以及千人基因组计划、癌症基因组计划、Meta-Hit计划等重大国际合作项目的相继开展，基因组研究日渐被推向高潮。然而，迄今为止使用的测序材...
单细胞RNA-seq分析介绍
为什么要学习single-cell RNA-seq 在整个人体组织中，细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的，为了更好的了解这些组织和存在的细胞类型，我们需要更高分辨率的技术，而scRNA-seq提...
单细胞分析之monocle3
monocle3简介 monocel3的优势 从UMAP图识别发育轨迹，可以继承Seurat的质控、批次校正和降维分析结果，实现“一张图”展现细胞的聚类、鉴定和轨迹分析结果。 自动对UMAP图分区（p...
单细胞分析之fastMNN
fastMNN简介 MNN是Haghverdi等人提出的一种批次校正算法，由R语言的batchelor包实现。算法原理及性能评测的细节可参阅2018发表在Nature Biotechnology上的论...
chromVAR: 从单细胞表观数据中推断转录因子相关开放区域
chromVAR是一个用于分析稀疏染色质开放的R包。chromVAR的输入文件包括，ATAC-seq处理后的fragments文件（过滤重复和低质量数据）, DNAse-seq实验结果，以及基因组注释...
单细胞分析之harmony
Harmony原理 Harmony需要输入低维空间的坐标值（embedding），一般使用PCA的降维结果。Harmony导入PCA的降维数据后，会采用soft k-means clustering算...
CellChat细胞通讯分析
写在前面的话：关于细胞通讯的工具有很多，cellchat只是其中一个。网上关于CellChat的解读也很多，我在学习的时候也参考了一些，具体参考列表我都在文中标注了哈。这里只是我在学习细胞通讯和Cel...