Single Cell单细胞分析之NicheNet NicheNet简介 分析原理 大多数细胞通讯的分析方法主要依据公共数据库的配体-受体配对关系,以及配体、受体在细胞亚群的表达情况来推断细胞之间发生了哪些通讯关系,但是配体-受体相互作用如何导致受体细... 04月06日462评论单细胞测序 细胞通讯 阅读全文
Single Cell单细胞轨迹分析dyno使用教程 在上一期的《单细胞轨迹分析知多少--拟时间分析比较》中我们介绍了45种单细胞轨迹推断分析软件方法在以下4个方面的比较: 准确性 可扩展性 稳定性 可用性 得出了几项重要结论: 轨迹推断(TI,traj... 02月16日1,427评论单细胞 轨迹分析 阅读全文
Single Cell单细胞分析之Garnett Garnett简介 分析原理 Garnett使用人工定义的marker基因信息来选择细胞,然后基于这些细胞使用弹性网络回归(elastic-net regression)的机器学习算法训练分类器。分类... 02月06日188评论Garnett 单细胞测序 阅读全文
Single Cell系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(二) 文章 这是一篇2017发表在Genome Medicine上的文章A practical guide to single-cell RNA-sequencing for biomedical rese... 12月18日1,474评论scRNA-Seq 单细胞测序 阅读全文
Single Cell用 RAPIDS 加速单细胞基因组分析 人体由近 40 万亿个细胞组成,有许多不同类型。实验生物学的最新进展使探索单个细胞的遗传物质成为可能。随着单细胞基因组学这一新领域的诞生,科学家们现在可以探测人体内单个细胞的 DNA 和 RNA 。 ... 11月10日70评论RAPIDS 单细胞测序 阅读全文
Single Cell几个scRNA找高变异基因(HVGs)的方法 1. Seurat 参考:https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html 利用FindVariableFeatures函数,会计算一个me... 11月07日5,413评论scRNA 单细胞测序 阅读全文
Single CellscRNA的3大R包对比 用法 Seurat 2.x Seurat 3.x Scater Monocle2.x Monocle3.x 创建R包要求的对象 CreateSeuratObject() 函数不变,参数取消了raw.d... 11月07日2,736评论scRNA 单细胞测序 阅读全文
Single Cell为什么要以数据库的思维来理解Seurat单细胞数据 在我们涉足单细胞数据分析不久之后就会发现,我们在和一套新的理念打交道。在这套理念中,对象是常见的,数据是多维的,往往是一张核心表及其附属。我们对一张表是熟悉的,Excel极大地普及了这种熟悉,但是如何... 11月02日126评论Seurat 单细胞 阅读全文
Single Cell单细胞Seurat数据对象创建思维导图 在我们分析单细胞数据的时候,需要想象力的一点就是要理解数据结构。平时我们都是如何看数据结构的呢? library(Seurat) library(tidyverse) pbmc<-CreateS... 11月02日70评论Seurat 单细胞测序 阅读全文
Single CellCellChat:细胞间相互作用分析利器 前言 我们知道,细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用,另一个通过细胞产生的可溶性小分子,即细胞因子。在单细胞数据分析中下游,有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互作用,就有人推荐我们做一个... 11月02日185评论CellChat 单细胞测序 阅读全文