除了整合差异相对较小的scRNA-seq数据集外，liger也能用于整合数据差异较大、甚至研究的对象完全不同的多组学。本文将以scRNA-seq和scATAC-seq为例，展示liger多组学整合的相...
Liger单细胞多组学分析：RNA-seq与ATAC-seq
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Liger单细胞多组学分析：seurat与liger
在使用liger整合单细胞RNA-seq的文章中，我提到liger的数据结构和函数调用不及seurat那么方便和个性化，因此将两者的优势结合起来能够大大便利我们的单细胞数据分析。本文主要介绍以下两种方...
Liger单细胞多组学分析：原理
因为最近的课题需要用到单细胞多组学整合分析的方法，因此我学习了一下liger这个单细胞下游分析R包，觉得它的数学原理和整合方法都挺优美的，尽管软件包中有一大堆bug和不便之处。我将写一个liger单细...
单细胞分析之xCell
xCell简介 xCell是开发SingleR包的团队2017年推出的一款推断bulkRNA样本中细胞类型比例的R包，目前在google学术查到它有598次引用。xCell的工作原理是用机器学习算法提...
单细胞分析之CellChat
CellChat简介 CellChat的特点 全面的数据：大多数的细胞通讯分析方法通常只考虑配体/受体基因对，往往忽略了多亚基复合物受体和其他信号辅助因子。CellChat的作者人工挑选了2021个经...
细胞互作：单细胞配受体库
Cell-Cell Interaction Database 描述了通过过滤已有的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)数据，细胞-细胞相互作用数据库的自动构建。细胞间的相互作用对理解组织结构很重要。我们和...
单细胞分析之velocyto
速率分析的原理 大家第一次听到RNA速率/速度，是不是感觉和我一样懵呢？再看文献提到的时间导数、微分方程和一大堆公式，是不是更搞不清作者在讲什么？我们常用的基因表达矩阵，如velocyto的作者在文献...
单细胞分析之LIGER
LIGER简介 LIGER能够跨个体、物种和方法(基因表达、表观遗传或空间数据)识别共有的细胞类型，以及数据集特有的特征，提供对不同单细胞数据集的统一分析。 LIGER原理 接触生信的朋友对PCA都有...
从基因表达解读细胞之间的相互作用和交流
目前单细胞转录组技术的快速发展，关于单细胞转录组数据的应用也越来越宽泛，其中细胞相互作用的探索尤为重要。 细胞互作存在多种形式 自分泌信号转导是指细胞内通讯，细胞分泌配体，这些配体用于通过同源受体诱导...
使用Monocle2进行单细胞RNA-seq数据分析
本来是想出一期使用Monocle3进行单细胞RNA-seq数据分析的教程的，可是Monocle3我死活都装不上，不是依赖报错就是GitHub报错，所以无可奈何只能暂时先使用Monocle2，等后面Mo...