Single Cell

单细胞测序数据处理知识

简史其实单细胞测序已有十年的历史了,十年来,通量不断提升,成本不断降低,已经到了“旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家”的历史阶段。不信请看《Nature Methods》2013年度技术;《Nature》...
阅读全文
Single Cell

单细胞转录组数据无监督聚类

背景 scRNA-seq 数据的计算分析包括质控,比对,定量,标准化,聚类,轨迹分析以及差异表达基因的鉴定等,其中聚类是给予转录组数据定义细胞类型的一个核心步骤,也是 scRNA-seq 最广泛的应用...
阅读全文
Single Cell

单细胞测序数据整合中的批次效应

在数据分析的时候,我们的目标是找到样本之间真实的生物学差异。但是这种真实的生物学因素往往会受到各种因素影响,举几个场景 不同样本 同一样本的生物学重复 同一样本的技术重复 同一样本在同一个实验室由同一...
阅读全文
Single Cell

单细胞测序综述

1、单细胞测序概论 过去二十几年里,随着基因测序技术水平的提高以及千人基因组计划、癌症基因组计划、Meta-Hit计划等重大国际合作项目的相继开展,基因组研究日渐被推向高潮。然而,迄今为止使用的测序材...
阅读全文