用Sequin向NCBI提交序列

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所属分类:Genomics

关于向NCBI提交序列,前面已经有一篇文章介绍《利用BankIt向NCBI提交序列方法》,现在给大家介绍利用Sequin向NCBI提交序列。

关于Sequin可以从这里下载:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html

1,Sequin开始界面

开始一个新的提交或是选择编辑已有保存的文件(Read Existing Record),用Sequin的好处就是你可以保存下来,可以随时修改。直到满意后再向NCBI提交。

Sequin

2、输入Title,作者,联系方式等

Title是必须的。自行添写一个。然后点Next Page到Contact菜单,添加联系方式。再Next Page,填写作者等。能填写的就填上,越详细当然是越好的。不知道的话可以跳过,因为后面也是可以重新修改的。

Sequin_Authors

3、添加序列

准备一个Fasta格式的序列。保存在一个文件。可以选择单个序列或是批量序列。其它的Type都是比较特殊,不常见。

Sequin_Sequence-Format

4、添加序列的注释信息

上传了序列之后,点击Next Page继续添加序列的信息,如属于哪个物种的,序列注释。有没有蛋白序列等。这里也是一样,能填的就填上,不懂就Next。后面也是可以修改的。

Sequin_Sequence_Organism

5、GenBank格式的界面,最后修改

Edit菜单

上面的步骤都完了之后。出现一个GenBank格式的界面,如下图。在这里,一切信息就一目了然。那里不对,需要修改的。双击就行了。另外,在Edit菜单比较修改作者、联系方式等资料。

Sequin_GenBank

Annotate菜单

在Annotate菜单可以添加序列的注释,也可以批量添加。如加CDS区,exon区等等。其格式可以参照其它序列的GenBank格式。

6、保存序列

如果在中途要临时保存,在File菜单的Save,保存后的文件是.sqn。全部修改完毕后,选择File/Submission。就会有一个提示框,提示把保存后的发送一封邮件到NCBI。

Sequin_Submission

7、发送邮件提交序列

把保存后的.sqn文件发到gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov。等待几天,NCBI就会有回音的啦。

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    • 上传基因组数据到NCBI | Public Library of Bioinformatics