SMRT Analysis软件安装

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所属分类:Genomics

pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来,做成了一个在线的分析软件,类似于galaxy;

安装过程如下,参考官网给的指导手册

http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf

1)首先下载安装包:

wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.3.0/ smrtanalysis_2.3.0.140936.run

2) 创建一个用户,用于smrt 分析

useradd -G smrtanalysis -p 123456 smrtanalysis

3) 切换到新建的用户,进行安装

su smrtanalysis

4) 设置环境变量

在系统的配置文件中添加下面几个环境变量, 编辑 /etc/bashrc 文件

SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis/
SMRT_USER=smrtanalysis
SMRT_GROUP=smrtanalysis

修改完之后,记得  source /etc/bashrc

5) 安装

bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run  --rootdir $SMRT_ROOT

在安装过程中,会提示一系列需要修改的信息,比如IP地址, 端口号等,对应的选择就好

6) 启动服务

$SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start
$SMRT_ROOT/admin/bin/kodosd start

在浏览器中输入对应的网址,记得加端口号, 比如我的网址是http://192.168.0.6:8080/ , 如果看到下边这个界面,就证明安装成功了;

pacbio 官方的文档还是特别的详细的,按照官网的来基本不会有什么问题

需要注意的是,很多smrt analysis 中集成的软件是不提供独立安装的,只能通过安装smrt  analysis 软件来获取对应的软件,比如HGAP

当我们想要通过命令行访问对应的程序时,可以通过下面的方式

su  smrtanalysis
source  /opt/smrtanalysis/install/smrtanalysis_2.3.0.140936/etc/setup.sh

source 完之后,一些smrt analysis 集成的软件就可以通过命令行访问了,比如 h5dump 查看h5 文件的内容

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