OGDRAW:一个画叶绿体、线粒体、质粒的工具

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所属分类:Genomics

在基因组学研究中,finish一个小的环形基因组,例如线粒体、叶绿体、质粒后,一般都会画一个全基因组的圈图,如下图:

OGDRAW:一个画叶绿体、线粒体、质粒的工具

最近我刚好在组装一个植物的细胞器,然后做了这个工作给大家推荐一个画圈图的工具OGDRAW。下面是作者网站上的相关介绍。

OrganellarGenomeDRAW is dedicated to convert genetic information stored in GenBank entries to graphical maps. The input text file has to be in GenBank flat file format, whereas the output format can be chosen among several formats. The application is especially optimized and adapted for the creation of high-quality, detailed circular maps of organellar genomes like the plastid genome (plastome) or the mitochondrial genome (chondriome). Nevertheless, you can upload any GenBank entry. The workflow is devided into three steps.

链接:http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de/index.shtml

ybzhao

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目前评论:4   其中:访客  3   博主  1

    • Plant bio Plant bio 2

      请问基因组的起始点,和环上基因的正反向怎么调整?这个软件是自动生成的,有时候和Genbank文件的起点和方向不匹配啊

        • ybzhao ybzhao Admin

          @Plant bio 目前我还没用遇到这样的情况,他这个在线的程序好像也没提供程序来调整吧。
          PS,像叶绿体和线粒体,基因组本身就是环形的呀。

        • wangbaosen2006 wangbaosen2006 1

          我也知道这个在线的软件,不过画出来之后下载了,不是图像太大就是太小,没法往文章里放