pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来，做成了一个在线的分析软件，类似于galaxy; 安装过程如下，参考官网给的指导手册 http://www.pacb.com/wp-content/uplo...
SMRT Analysis软件安装
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使用高版本SMRT Analysis软件对Pacbio reads进行基因组De novo组装
1. SMRT Analysis简介 SMRT Analysis软件是由Pacbio Science公司开发的软件，现在是SMRT Link软件的一部分，用于对Pacbio Long Reads数据进...
Pacbio Sequel两种bam文件解析
pacbio目前有两种主流的测序平台，RSII和Sequel，后者是前者的升级版。 pacbio sequel下机是bam格式的reads文件，它和reads比对到参考基因组上生成的bam文件，内容有...
PacBio：你了解多少？
原文作者：陈巍学基因; 原文标题《PacBio单分子超长测序》部分图片PLoB有修改 测序原理： 1. 用4种荧光分别标记4种dNTP 2. 在测序芯片的底部做出许多用与入射光波长相应的小孔，特定的孔...
单分子测序PacBio RS测序系统介绍
PacBio RS测序系统的feature 关于读长 如果把拼接工作看作是在做拼图游戏。NGS获得的读长都很短，就好象把一幅图打成非常小的碎片，然后做拼图。由于碎片太小，因此许多碎片看起来都差不多，这...
BLASR：PacBio数据比对工具
Pacbio数据相信大家都不陌生了，reads很长，但是错误很多而且错误分布在整条reads上而不是局部。这里给大家推荐一个工具BLASR（Basic Local Alignment with Suc...
基因组装配新前沿：长片段完成完整的基因组
PacBio®长读序为基因组完成带来了新变革。资深基因组装配专家开发的错误校正软件使科学家能在其短读取数据中添加长读序数据，最终将那些未完成的基因组补全。 在过去的十年，基因组装配让一些科学家渴望转向...
PacBio Sequences的HDF5格式
HDF5 is a data format designed by National Center for Supercomputing Applications at UIUC to rapidly...
Pacific Bio用于基因组组装
We are really amateurs, when it comes to Pacific Bio sequences. How amateur are we? A few weeks back...
Pacific Bio Sequences
Pacific bio sequences fall at other extreme from Illumina Solexa data. The reads are very long (~5kB...