深度(depth)与覆盖度(coverage)

  • 假想实验

对长100bp的目标区域进行捕获测序:采用单端测序,每个read长5bp;总共得到了200个reads;把所有的reads比对到目标区域后,100bp的目标区域中有98bp的位置至少有1个read覆盖到,换言之,剩余的2bp没有1个read覆盖。

200 x 5 / 100 = 10

我们说这此测序的深度为10X。

98 / 100 × 100% = 98%

我们说这次测序的覆盖度为98%。

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