现在的确又不少研究单位和公司开办关于生物信息学、二代测序数据分析等等之类的培训班，说实在这个培训班的效果有多大，确实不好说。但我个人认为，多数这类培训班都是针对生物信息刚入门的学员。因为现在高通量测序...
推荐一个二代测序高通量数据分析在线教程
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MapNext：推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件
基因组或者转录组数据的mapping中常用的软件有bwa、soap、tophat等等，其中tophat可以用于mapping存在可变剪接的reads。这里给大家介绍一款中山大学开发的一款可以用于做可变...
6.基因组序列信息分析(生物信息学教程系列)
生物信息学教程系列 第六章 6 基因组序列信息分析 DNA序列自身编码特征的分析是基因组信息学研究的基础，特别是随着大规模测序的日益增加，它的每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪的光密度采样与分析...
ENCODE：DNA元件百科全书(附相关论文简介与下载)
DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)项目旨在描述人类基因组中所编码的全部功能性序列元件。ENCODE计划于2003年9月正式启动，吸引了来自美...
SNP分型技术-高分辨率熔解分析(HRM)
高分辨率熔解（High-resolution melting，简称HRM）分析是一门新兴的技术。它仅仅通过PCR之后的熔解曲线分析，就能检测PCR片段的微小序列差异，从而应用在突变扫描、序列配对和基因...
利用Ion半导体测序开展基因表达谱分析
新一代测序技术的出现改变了基因表达谱分析和转录组研究。在其他方法还依赖预知信息进行杂交探针或qPCR引物设计时，RNA-Seq技术可直接对测序文库中任一RNA分子进行无假设的分析。RNA-Seq技术不...
illumina SNP 芯片的CNV和LOH的分析
Illumina全基因组SNP芯片不仅可以call snp，还可以call CNV和LOH等结构性的变异。对于结构性变异的鉴定是通过BAF和logRratio来计算。CNV和LOH的区别在于CNV中l...
常用的SNP检测方法
SNP 是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性，在群体中的发生频率不小于1 %。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。所谓转换是指同型碱基之间的转换，如嘌呤与嘌呤( G2A) ...
如何利用重测序进行SNP分析？
利用新一代测序技术进行SNP分析，一般包括如下几步： （1） 测序结果的预处理，去除低质量的数据； （2） 利用短序列比对软件进行全基因组比对，找出多态性位点； （3） 根据一定规则来筛选可靠的SNP...
UCSC:基因组相关研究的一个有力工具
UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的，该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图，并提供...