illumina SNP 芯片的CNV和LOH的分析

Illumina全基因组SNP芯片不仅可以call snp,还可以call CNVLOH等结构性的变异。对于结构性变异的鉴定是通过BAF和logRratio来计算。CNV和LOH的区别在于CNV中logRratio 会变化,而LOH中不会。

常用的软件有:CNVpartition;QuantiSNP;PennCNV;dChip;illumina官网还提供了其余一些方法,可是都是商业软件,需要购买。而上面几个是免费的。

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匿名

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匿名网友

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    • @回复

      您好,请问您这边是否通过SNP芯片检测LOH,TAI及LST,价格多少一例

        • 果壳生物 @回复

          可以联系果壳生物