Genomics使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况,首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值,然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况。 该软件使用比较复... 12月16日6,1663CNV WES 阅读全文
Genomics肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools: CNV的可视化 Maftools系列文章: 《maftools使用方法总结以及常见问题》 《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools:安装和文件格式要求》 《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools:突变数据... 01月09日1,072评论CNV maftools 阅读全文
Bioinformaticsillumina SNP 芯片的CNV和LOH的分析 Illumina全基因组SNP芯片不仅可以call snp,还可以call CNV和LOH等结构性的变异。对于结构性变异的鉴定是通过BAF和logRratio来计算。CNV和LOH的区别在于CNV中l... 06月05日6,5392CNV SNP 阅读全文
GenomicsGbrowse SNV突变频率图绘制 基因组的某位置,会发生突变,或者说对于多个物种的个体进行测序的话,会发现许多位置不是稳定的只是某个碱基,而应该用频率表示,ACTG出现的频率,如果某个位置有出现两个以上碱基的可能性,我们就将这个位置称... 10月28日3,546评论CNV GBrowse 阅读全文