Quake的安装方法

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目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多,如SOAP的correction、Quake等,目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法

安装

Quake在使用中需要一些额外的第三方软件的支持。

1.JELLYFISH的安装


#下载
wget http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/jellyfish-1.1.3.tar.gz ./
#解压
tar zxvf jellyfish-1.1.3.tar.gz
#进入文件夹
cd jellyfish-1.1.3
##如果你是root用下面的方式安装
./configure
make
make install
##如果你是普通用户用下面的方式安装
./configure --prefix=/my/dir
make
make install

如果你是root安装完后jellyfish可执行文件在bin这个目录里面

2.R

如果你的系统里面没有安装R的话,可以考虑一下方式简单安装


#对于centos 与redhat
yum install R
#对于ubuntu
apt-get install R

也可以直接从官方下载源文件安装,具体暗转该方法可参考其中的说明书

下载地址:http://www.r-project.org

3.R VGAM library

你的电脑中安装完R之后,运行R,输入一下命令来安装R


install.packages("VGAM")

Quake的安装


#下载quake
wget http://www.cbcb.umd.edu/software/quake/downloads/quake-0.3.0.tar.gz ./
#解压并进入文件夹
tar zxvf quake-0.3.0.tar.gz && cd Quake/src
#编译
make
# 进入上一级目录下的bin文件上
cd ../bin
#将第一步中安装的jellyfish 建一个软连接到bin目录
#假如jellyfish的全路径为/share/jellyfish/bin/jellyfish,那么执行以下命令
ln -s /share/jellyfish/bin/jellyfish jellyfish

到此Quake的安装基本完成

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