基因表达分析里面，RNA-seq是现在转录组研究常用的技术了，但是通过二代测序获得数据后，在正式分析前我们通常需要做两件事情：其一是reads的饱和度分析，另一个是RNA-seq测序的数据与mRNA真...
转录组数据饱和度评估方法
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MapView：海量短序列比对结果的可视化软件
前面刚给大家介绍了一款reads mapping的软件《MapNext：推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件》，大家有兴趣的可以试试。现在再给大家介绍一款短reads（譬如sol...
BLASR：PacBio数据比对工具
Pacbio数据相信大家都不陌生了，reads很长，但是错误很多而且错误分布在整条reads上而不是局部。这里给大家推荐一个工具BLASR（Basic Local Alignment with Suc...
SAM格式
SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件，不同的时期，不同...
Pacific Bio Sequences
Pacific bio sequences fall at other extreme from Illumina Solexa data. The reads are very long (~5kB...
K-mer应用实例分析
We started with 600 million 100mer reads from a genomic library and plotted its K-mer distribution. ...
Maximizing Utility of Available RAMs in K-mer World
Bioinformaticians trying to assemble genomes or transcriptomes from large NGS libraries usually grap...
三代测序数据pacbio数据处理
三代测序仪现在逐步投入正式使用之中，目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长，最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp，平...
Quake的安装方法
目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多，如SOAP的correction、Quake等，目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法 安装 Quake在使用中需要一...
Bowtie使用介绍
Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。...