转录组数据饱和度评估方法 Transcriptomics

转录组数据饱和度评估方法

基因表达分析里面,RNA-seq是现在转录组研究常用的技术了,但是通过二代测序获得数据后,在正式分析前我们通常需要做两件事情:其一是reads的饱和度分析,另一个是RNA-seq测序的数据与mRNA真...
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SAM格式 Glossary

SAM格式

SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件,不同的时期,不同...
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三代测序数据pacbio数据处理 Bioinformatics

三代测序数据pacbio数据处理

三代测序仪现在逐步投入正式使用之中,目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长,最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp,平...
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Quake的安装方法 Genomics

Quake的安装方法

目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多,如SOAP的correction、Quake等,目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法 安装 Quake在使用中需要一...
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Bowtie使用介绍 Transcriptomics

Bowtie使用介绍

Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。...
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