MapView:海量短序列比对结果的可视化软件

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所属分类:Bioinformatics

前面刚给大家介绍了一款reads mapping的软件《MapNext:推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件》,大家有兴趣的可以试试。现在再给大家介绍一款短reads(譬如soleax测的reads)mapping结果可视化软件,MapView。这款软件与MapNext都是中山大学开发的,在windows下可以高效地显示大量的reads的比对结果。效果图如下:

MapView

软件下载地址:http://evolution.sysu.edu.cn/mapview/

使用该软件钱需要确认系统安装了.NET Framwork(2.0及以上),根据自己的系统安装32位或者64位的 .net framework。教育网的 可以从他们网站上提供的链接直接点击下载 2.0版本 (32 bit .NET Framwork 2.0 或 64 bit NET Framwork 2.0)。

其他用户可以从这里下载:http://www.xiazaiba.com/word/Microsoft+.NET+Framework

相关论文: MapView: visualization of short reads alignment on a desktop computer. Bioinformatics, 2009, 25 (12) : 1554-1555

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目前评论:2   其中:访客  1   博主  1

    • avatar likemike 0

      很方便,samtools里面也有类似的查看效果。

        • avatar ybzhao Admin

          @likemike 我用的比较多的是tablets,samtools虽然也用过但是没用它来view,有时间可以也来试一试,呵呵。