推荐一个二代测序高通量数据分析在线教程

现在的确又不少研究单位和公司开办关于生物信息学、二代测序数据分析等等之类的培训班,说实在这个培训班的效果有多大,确实不好说。但我个人认为,多数这类培训班都是针对生物信息刚入门的学员。因为现在高通量测序确实很普遍,很多传统做湿实验(做生物信息数据分析的实验常被称为干实验)的实验室现在很多课题和项目多少都涉及二代测序数据分析,所以老板都会派一些学生来参加培训和学习。相信这些学习会对于初步了解一下生物信息以及二代数据分析还是有帮助的,但是效果可能会与各个培训班的质量相关。参加完培训班学习后,关键还是要自己多探索、查资料、读相关论文和软件的manul。毕竟这些二代数据分析不是几天就能掌握其精华的,如何从海量数据中利用生物信息学分析方法和工具软件挖掘生物学故事还是一门科学。

今天生物信息学QQ群(235461986,欢迎从是生物信息学的同行加入讨论)里面大家讨论关于生物信息培训的事情,很多网友表示现在的培训班现在培训的费用很贵,而且价值不大,于是有网友推荐一个基于第二代高通量测序数据分析在线教程,于是把这个信息放到PLoB的网站上来与大家分享。对于不打算准备参加培训的童鞋以及正在从事高通量测序数据分析的同学可以考虑读读这个在线教程。

这个教程的主要内容包括:

1、了解生物信息各种常见数据文件格式和标准

2、熟悉目前常用的二代测序仪(Illumina HiSeq、ABI SOLID以及Roche 454)的短reads的分析

3、短序列、长序列的比对

4、Chip-Seq分析以及peak calling

5、SNP分析以及基因组变异分析

6、基因组拼接组装

8、宏基因组(metagenomics)数据分析

9、利用R以及其他软件包对分析的数据进行可视化与画图

。。。。。

教程名称:Fall 2012 - Analyzing High Throughput Sequencing Data

教程的网址:http://www.personal.psu.edu/iua1/pages/fall-2012-bmmb-597D.html,有兴趣的童鞋可以上这个上面看看,有任何相关的意见,欢迎点击这里来PLoB上与我们一起讨论,或者分享您知道的其他生物信息学在线教程。上面的连接中已经包含了各种数据分析的ppt教程测试数据和相关软件,大家可以直接下载。

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目前评论:8   其中:访客  6   博主  0   引用   2

  1. xiaoma 0

    非常给力的课程,另外头像怎么这么像cos用的头像,好难看的说

  2. unknown 0

    楼主这个链接怎么打不开呢?

  3. freemanguohua 0

    连接打不开?

  4. sanvva 0

    应该是这个http://www.personal.psu.edu/iua1/courses/2012-BMMB-597D.html

    • 艺绝 0

      @sanvva 这个网址打开也不对啊

  5. cjr 0

    有链接吗?

  6. 来自外部的引用: 2

    • 新一代测序技术数据分析在线视频 | Public Library of Bioinformatics
    • [荐]第二代测序技术数据分析教程与视频 – Yixf's blog – Face to Fate in Dream.