如何利用重测序进行SNP分析?

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利用新一代测序技术进行SNP分析,一般包括如下几步:
(1) 测序结果的预处理,去除低质量的数据;
(2) 利用短序列比对软件进行全基因组比对,找出多态性位点;
(3) 根据一定规则来筛选可靠的SNP位点,这些规则会因为不同需求有所不同,如MAQ中规定:①SNP位点附近3bp内没有另外的SNP;②SNPs的覆盖度要大于3;③SNP必须有质量分数>60的序列覆盖;④在任意连续的10bp中不超过3个SNP;⑤如果SNP的一致分数低于10,就认为该多态位点不是一个SNP。
( 4) 为了更直观地查看SNP位点信息,可以使用一些可视化的软件进行画图。

如何利用重测序进行SNP分析?

可视化SNP软件示意图

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