wapRNA是一个RNA序列数据处理的网络平台，支持RNA和microRNA两种序列分析。它集成了多种分析工具，为处理下一代测序技术平台，如（Solexa，SOLiD）产出的RNA序列数据提供了便利。...

在linux下错误使用rm -rf 命令后并非完全无法补救，但是有个前提：在尝试恢复删除的数据前，删除文件的目录内不能存放新东西，不然覆盖多少就损失多少！ 这里用到的套件是ext3grep、系统必须默...

在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？ 最近使...

最近在Plos ONE 上看到一篇比较分析基因组拼接软件的文章，该文章列举了目前主流的基因组拼接软件（Genome Assembly），以及相关的算法、使用的数据平台，等等。 下面是软件使用平台和算法...

之前在本博客上发表一篇利用sed 将fastq转换成fasta的文章，这种方法利用linux系统自带的程序sed进行处理，速度很快，但是后来发现当fastq中某一reads的质量值以‘@’开头的话就会...

Public Library of Bioinformatics (PLoB): 这是什么？（what） PLOB是一个专注于生物信息相关领域“图书馆”，它主要专注于收集、整理和记录生物信息学、基因组...

新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介 目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454，它们都能高通量的...

一、软件介绍 Glimmer是一款寻找原核生物基因的预测软件，从1.0版本到现在的3.0版本，预测的准确度和速度都已经提高了很多，并且是一个免费开源的软件必须在Linux或者Mac OSX系统上才能使...

基本 一、数据管理 vector：向量 numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框c：连接为向量或列表 leng...

Phrap ("phragment assembly program", or "phil's revised assembly program"), Phrap是由华盛顿大学分子生物技术学院的Phi...