构建批量蛋白质结构域鉴定的分析平台，可以使用hmmscan(hmmer3)、hhsearch、InterProScan等，这里主要介绍hmmscan与hhsearch。 hmmsca...
hmmer的安装与使用
从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blas...
基于HMM的基因功能鉴定
目的： 鉴定该物种中某个基因家族的所有成员； 每个基因的功能鉴定； 什么是HMM： HMM(Hidden Markov Model,隐马尔科夫模型)是一种用参数表示的用于...
GFF格式说明
gff格式是Sanger研究所定义，是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式，比如序列的那里到那里是基因，已经成为序列注释的通用格式，比如基因组的...
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLA...
Blastall常用参数简析
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 基本局部比对搜索工具，是一套在蛋白质数据库或 DNA 数据库中进 行相似性比较的分析工具，它是基...
Formatdb 命令行参数详解
formatdb - 得到 formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍，它可以根据我们的想法把源数据库格式化. 主要参数的说明: -i 输入需...
GO分析的相关工具
GO委员会工具 AmiGO [http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi] AmiGO提供检索和浏览GO委员会提供的本体学(ontology)...
人类染色体G带图(Ideogram)的画法
什么是染色体G带图 将染色体经过一定程序的处理,并用特定的染料染色后,使染色体在其长轴上显示出一个个明暗交替或深浅不同的横纹,这样的横纹就叫做染色体的带。染色体G带也称为G显带，是最常用的染色体检查方...
蛋白注释相关的工具
随着蛋白质数量的增加，对于这些蛋白质的分类与注释成为一个非常活跃的课题。这里将包含所有蛋白质序列的集合称为nr库，在nr库中，序列与序列的相似性是不均等的，当我们使用blast进行序列两两比对的时候，...