下载最新的蛋白相互作用数据库-STRING

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所属分类:Bioinformatics

string数据库是PPI领域里面最完备已经最受欢迎的数据库了。如果直接在谷歌里面搜索PPI,映入眼帘就是string的官网,它们的主页现在是html5啦,比较精美: http://string-db.org/

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写的很霸气,近两亿的记录,不过一般大家只会关心一个物种,比如人,其实还不到一千万!

我们直接进入下载界面,找到人类的数据,人类的物种ID是9606.

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需要一定许可才能下载完整版本,我这里测试最上面那个公开版本数据!

数据很简单,就是protein protein score,共八百多万行记录,记录着string数据库搜集的所有可能以及可信的蛋白相互作用!但是它的蛋白ID是ENSEMBL的ID,所以需要转换成基因的ID,才能被大多数人使用,因为大家的研究单位一般是基因,所以蛋白相互作用略等于基因相互作用。

基因ID转换,我推荐用org.Hs.eg.db这个R的包,很容易就可以实现的!

> tmp=toTable(org.Hs.egENSEMBLPROT)
> dim(tmp)
[1] 110916      2
> head(tmp)
  gene_id         prot_id
1       1 ENSP00000263100
2       1 ENSP00000470909
3       2 ENSP00000443302
4       2 ENSP00000323929
5       2 ENSP00000438599
6       2 ENSP00000445717

转换好之后就可以上传到数据库啦,然后可以供其它可视化或者分析程序使用!有约500多个蛋白ID是无法转换成对应的基因的,这个很正常,毕竟这种ID本来就不稳定,很多用着用着就失效了!

原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/1589.html

 

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