本文主要介绍 phred\phrap－基因组的序列装配软件包。Phred 是 phred\phrap 软件包 的一部分，主要是用来分析和装配基因组中大片段序列。phred\phrap 软件包由华盛顿大...

有些你看着知道，其实让你说，又说不出多少；有些你以为自己知道，但你不知道自己仅仅了解了其中的一部分。许多概念，虽说只是一个词，但是其背后是一个专业的领域模型，每一个概念在不同的环境有着不同的故事，看见...

刘国庆   白音宝力高    邢永强         人类基因组中仅仅约 2%的 DNA 是用来编码蛋白质的，而剩余 98%的序列则一度 被认为是近中 性 进 化 过程中 产 生的 没有 功 能的 “...

目前市场上有四种高通量测序仪，分别是Solexa，454 (GS-FLX)，SOLiD和Polonator。根据测序原理，它们可以被分为两大类：使用合成法测序(Sequencing by Synthe...

         转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾...

为了便于测序数据的发布和共享，高通量测序数据以FASTQ 格式来记录所测的碱基读段和质量分数．如下图 所示，FASTQ 格式以测序读段为单位存储，每条读段占4 行，其中第1 行和第3行由文件识别标志和...

ncFANs是一个在线预测与注释人、小鼠等物种中长非编码RNA的在线服务器，它利用对芯片数据进行重注释，并预测ncRNA的功能。 下面是官方文档的介绍： Long noncoding RNAs (nc...

对于复杂的组学数据，能尽可能方便地直接观察数据对于数据的分析和解释都非常重要，对新一代测序数据的可视化和交互展示是一个非常重要但容易被人忽视的问题.不深入考查数据的细节，而是满足于对数据的统计分析，是...

获得RNA-seq的原始数据后，首先需要将所有测序读段通过序列映射（mapping）定位到参考基因组上，这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前，有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理....

454生命科学公司所研发的新一代测序平台基于光纤微流体技术和包裹了待测DNA片段的乳化液滴技术（炸药中的表面活性剂来维持乳液的热稳定性）。基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Se...