千年基因率先推出454+(GS FLX+)转录组测序

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自罗氏旗下454生命科学推出测序读长达1,000 bp的454+(GS FLX+)测序系统以来,千年基因已利用该平台成功开展了大量全基因组测序项目。其中,苣苔的全基因组de novo测序组装已经初步完成,近期启动的花生基因组计划也将主要基于该平台进行测序。伴随着千年基因总部Macrogen完成454+ 转录组测序的R&D阶段,千年基因在中国率先推出454+ 转录组测序技术服务。

454+ 是454生命科学于2011年推出的全新高通量测序系统,相比已广泛应用的454测序系统,454+ 在硬件设备、软件系统及实验试剂等方面均有改进,因此能产生长达1,000 bp的测序读长,达到了传统Sanger法测序的长度,并在碱基准确度上由454平台的99.995%提高到了99.997%。

454+ 的测序读长更有助于转录组的研究,尤其是针对尚未发布参考基因组的物种。首先,测序读长的改善使454+ 的测序通量较454有了显著提升,可以更少的测序run得到更全面的转录组数据;其次,1,000bp的读长能够更有效地跨越复杂基因组的高度重复区域,能够显著提高转录组组装结果。第三,更高的组装结果将更有利于进行基因注释和基因功能的深入挖掘,更有利于进行后续的一系列研究。

454+与454测序性能的比较:

454+与454测序性能的比较

454+与454应用于非洲爪蟾转录组测序的比较:

454+与454应用于非洲爪蟾转录组测序的比较

基于454+ 测序系统的优势,该系统已在动植物及细菌的全基因组de novo测序方面有广泛的应用:

2011年,研究人员利用该平台鉴定了濒临灭绝的袋獾的遗传多样性。在完成全基因测序的两只袋獾中,一只拥有对一些DFTD菌株的天然抗性,而另一只则在野外患上了这种疾病。 文章的通讯作者宾夕法尼亚州立大学生物化学和分子生物学教授Stephan Schuster认为,对于如此独特的物种,454+ 系统的长读长和高度的测序准确性对跨越重复元件和全面准确的基因组拼接起到了关键的作用。(文章链接请见:http://www.pnas.org/content/early/2011/06/23/1102838108)

454+ 系统的长读长已助力完成大麻两个品系的全基因组测序。此项目通过454+ 进行了约18X测序,完成了这个复杂植物基因组的高质量全基因组框架图的绘制。药物基因组公司创始人兼科学运营总监Kevin McKernan先生高兴地表示:“454+ 的数据读长的高质量和超长长度让我非常惊讶。有这些长读长数据的帮助,我们可以弄清楚基因组所发生的变异,理清等位基因信息,发现其相关的生物学意义。我们可以将关键的合成酶基因拼接到更长的基因组片段中,可以更多专注于生物学研究,而不用像使用短读长测序系统时那样花大量时间在拼接高度多样性片段的计算机运算上。”(文章链接请见:http://www.bionity.com/en/whitepapers/126334/cannabis-genome-sequenced-with-454-gs-flx-system.html)

西班牙耐药菌的三个Klebsiella pneunomiae菌株在454+ 系统完成测序后,利用仪器自带的GS De Novo拼接软件完成基因组拼接,并进行基因功能注释,最终发现这些细菌出现了很多耐药性方面的基因组进化,使得医院内常用的许多抗生素对其失效。这些数据大大补充了该细菌属的基因组信息,为其相关的耐药性研究、基因组进化研究提供了新的依据。(文章链接请见:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21746949)

延伸阅读:

千年基因以总部Macrogen作为强大的技术依托,主要致力于为研究人员提供最高质量标准的测序服务及相关技术支持。Macrogen集团由首尔大学于1997年成立,并于2000年成功上市,是世界领先的生物技术研发与应用企业,目前已经在亚洲、欧洲、美国等成立了多家分部。Macrogen同时拥有通过ISO9001 & ISO13485 & CLIA国际质量标准认证的大型基因组学实验室及高通量测序平台,主要包括30台HiSeq2000、2台MiSeq、4台Roche 454 & 454+、2台GAII、2台ABI SOLiD、1台Ion Torrent及几十台ABI 3730测序仪等。Macrogen已参与了白菜、玉米、马铃薯、辣椒、油棕榈、1000人基因组、100,000人外显子组计划、第一个韩国人基因组项目、Asian Genome Road 等众多国际项目,其丰富的项目执行经验使各个测序平台的优势均能在Macrogen得到最佳体现。

Macrogen与全球最大的生物科技公司罗氏公司一直有着密切的合作关系,曾共同开展高密度拷贝数变异(CNV)的研究项目,第一阶段研究成果在2010年发表于Nature Genetics。(文章链接请见:http://www.nature.com/ng/journal/v42/n5/abs/ng.555.html#/affil-auth)

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