ScriptMothur处理454测序流程和命令 454测序返回的结果是sff格式的文件 #sffinfo(sff=test.sff,flow=T) #trim and bin sequences in flowgram #trim.flows(fl... 03月10日2,8991 454 Mothur 阅读全文
Bioinformatics三种小型测序仪的比较 小型测序仪一般只有台式电脑大小,价格便宜、操作简单,但通量相对较小,一般用于重测序和小基因组或基因组片段的de novo测序 Nicholas Loman在Nature Biotechnology发了... 07月26日2,6141 454 测序仪 阅读全文
GenomicsConsed的安装与使用教程 简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件,由 David Gordon 等人于 1998 年发布, 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis... 07月10日2,9582454 assembly 阅读全文
Advance千年基因率先推出454+(GS FLX+)转录组测序 自罗氏旗下454生命科学推出测序读长达1,000 bp的454+(GS FLX+)测序系统以来,千年基因已利用该平台成功开展了大量全基因组测序项目。其中,苣苔的全基因组de novo测序组装已经初步完... 07月07日1,608评论测序 转录组 阅读全文
Genomics一种基于454数据拼接植物细胞器基因组的策略 一般在基因组组装中,我们常用的拼接方法是,对测序得到的二代数据直接用soapdenovo等软件进行基因组组装。但是这些方法一般只是适用于单一的基因组序列。 最近做的一个课题是从植物混合测序的数据中(核... 06月22日3,1829454 基因组 阅读全文
Bioinformatics三代测序数据pacbio数据处理 三代测序仪现在逐步投入正式使用之中,目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长,最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp,平... 05月12日12,3142454 reads 阅读全文
BioinformaticsROCH-454 测序仪介绍 454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底,454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System,被《Nature》杂志以里... 04月01日4,444评论454 sequencing 阅读全文
GenomicsRunning newbler: more de novo assembly parameters There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been tre... 03月31日2,076评论454 拼接 阅读全文
BioinformaticsRunning newbler: de novo assembly This post is about how to start up newbler for de novo assembly projects. I will describe setting up... 03月31日2,900评论454 拼接 阅读全文
GenomicsNewbler output VI: the ‘status’ files The files that are the topic of this post are all tables, i.e. tab separated text files. The ‘status... 03月31日725评论454 拼接 阅读全文