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首页454
Script

Mothur处理454测序流程和命令

454测序返回的结果是sff格式的文件 #sffinfo(sff=test.sff,flow=T) #trim and bin sequences in flowgram #trim.flows(fl...
03月10日2,8991 454 Mothur
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Bioinformatics

三种小型测序仪的比较

小型测序仪一般只有台式电脑大小,价格便宜、操作简单,但通量相对较小,一般用于重测序和小基因组或基因组片段的de novo测序 Nicholas Loman在Nature Biotechnology发了...
07月26日2,6141 454 测序仪
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Genomics

Consed的安装与使用教程

简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件,由 David Gordon 等人于 1998 年发布, 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis...
07月10日2,9582454 assembly
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Advance

千年基因率先推出454+(GS FLX+)转录组测序

自罗氏旗下454生命科学推出测序读长达1,000 bp的454+(GS FLX+)测序系统以来,千年基因已利用该平台成功开展了大量全基因组测序项目。其中,苣苔的全基因组de novo测序组装已经初步完...
07月07日1,608评论测序 转录组
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Genomics

一种基于454数据拼接植物细胞器基因组的策略

一般在基因组组装中,我们常用的拼接方法是,对测序得到的二代数据直接用soapdenovo等软件进行基因组组装。但是这些方法一般只是适用于单一的基因组序列。 最近做的一个课题是从植物混合测序的数据中(核...
06月22日3,1829454 基因组
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Bioinformatics

三代测序数据pacbio数据处理

三代测序仪现在逐步投入正式使用之中,目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长,最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp,平...
05月12日12,3142454 reads
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Bioinformatics

ROCH-454 测序仪介绍

454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底,454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System,被《Nature》杂志以里...
04月01日4,444评论454 sequencing
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Genomics

Running newbler: more de novo assembly parameters

There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been tre...
03月31日2,076评论454 拼接
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Bioinformatics

Running newbler: de novo assembly

This post is about how to start up newbler for de novo assembly projects. I will describe setting up...
03月31日2,900评论454 拼接
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Genomics

Newbler output VI: the ‘status’ files

The files that are the topic of this post are all tables, i.e. tab separated text files. The ‘status...
03月31日725评论454 拼接
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