转录组测序(RNA-seq)技术

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       转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应 用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。基于 Illumina 高通量测序平台的转录组测序技术使 能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测,在分析转录本的结构和表达水平的同 时,还能发现未知转录本和稀有转录本,精确地识别可变剪切位点以及 cSNP(编码序列单核苷 酸多态性),提供最全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对 已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更精确的数字化信号,更高 的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
 
技术优势:
  • 数字化信号:直接测定每个转录本片段序列,单核苷酸分辨率的精确度,同时不存在传统微 阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
  • 高灵敏度:能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。
  • 任意物种的全基因组分析:无需预先设计特异性探针,因此无需了解物种基因信息,能够直 接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因,发现新的转录本,并精确地识别可 变剪切位点及 cSNP,UTR 区域。
  • 更广的检测范围:高于 6 个数量级的动态检测范围,能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常 转录本。
应用领域:
        转录本结构研究(基因边界鉴定、可变剪切研究等),转录本变异研究(如基因融合、 编码区 SNP 研究),非编码区域功能研究(Non-coding RNA 研究、microRNA 前体研究等), 基因表达水平研究以及全新转录本发现。

图 1 RNA-seq 获得的数据能够进行全面的数据挖掘,既能够进行基因结构分析,鉴定 UTR、可 变剪切位点,也能够发现新的转录本及非编码 RNA,比较样本间的表达水平差异

 
 
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