转录组测序问题集锦 Transcriptomics

转录组测序问题集锦

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合,转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Ti...
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RNAseq中Reads的可视化及注释 Transcriptomics

RNAseq中Reads的可视化及注释

对于复杂的组学数据,能尽可能方便地直接观察数据对于数据的分析和解释都非常重要,对新一代测序数据的可视化和交互展示是一个非常重要但容易被人忽视的问题.不深入考查数据的细节,而是满足于对数据的统计分析,是...
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RNAseq测序reads定位 Transcriptomics

RNAseq测序reads定位

获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理....
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wapRNA:RNA与microRNA分析工具 ncRNA

wapRNA:RNA与microRNA分析工具

wapRNA是一个RNA序列数据处理的网络平台,支持RNA和microRNA两种序列分析。它集成了多种分析工具,为处理下一代测序技术平台,如(Solexa,SOLiD)产出的RNA序列数据提供了便利。...
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悲伤的mRNA Popular Science

悲伤的mRNA

有个mRNA,觉得自己很孤单,就拉个核糖体过来翻译个蛋白给自己作伴,翻译好之后对蛋白说:“你好,我是你的模板。”蛋白说:“你好,我是 RNase。” mRNA沉默了一下,说:“没关系,反正我本来也活不...
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RPKM简介 Glossary

RPKM简介

RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法,在衡量基因表现量时,若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量,在统计上是一件相当不合理事,因为在随机抽样的情况下,序列较长的基因被抽...
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