基因组拼接常用软件算法介绍

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所属分类:Genomics

最近在Plos ONE 上看到一篇比较分析基因组拼接软件的文章,该文章列举了目前主流的基因组拼接软件(Genome Assembly),以及相关的算法、使用的数据平台,等等。

下面是软件使用平台和算法列表:

相关的参考文献:

Zhang, W., Chen, J., Yang, Y., Tang, Y., Shang, J. and Shen, B. (2011) A practical comparison of de novo genome assembly software tools for next-generation sequencing technologies, PLoS One, 6, e17915

另外与大家分享维基百科上关于基因组拼接软件介绍的文章:

这个页面里面介绍相关的基因组测序的算法、下载链接,软件适用性等等信息。

Sequence assembly:

http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_assembly#De-novo_vs._mapping_assembly

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