velvet安装方法

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准备工作

下载velvet (1.105版本)

wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.1.05.tgz ./

解压:

tar zxvf velvet_1.1.05.tgz

进入子文件夹

cd velvet_1.1.05

安装

默认设置下安装可以使用下面的命令即可

make

但是这种方式编译之后会有多方面的限制,如:K-mer值最大为31,不能多线程运行、再一次拼接中最多只能使用一个库等等,

为了避免以后使用的时候麻烦,可以一次性安装到位

make color 'CATEGORIES=57' 'MAXKMERLENGTH=127' 'BIGASSEMBLY=1' 'LONGSEQUENCES=1' 'OPENMP=1'

后续工作

为了使用velvet时避免输入一堆路径,可以把当前的工作目录加到环境变量中:

在上面的编译工作完成后,继续在shell里面输入pwd显示当的路径

然后 输入 cd回车进入属主目录

输入 ll -a 可以看到一个 .bash_profile 文件

输入 vi .bash_profile来修改  .bash_profile文档

提示vi  .bash_profile后需要按一下键盘 i 才能进入编辑状态。

键盘上下键到文本最后,在 PATH=$PATH:$HOME/bin 后面加上之前的路径用冒号和前面的路径分开,然后按一下Esc,然后输入:wq (小写) 来保存文档

 

退出当前的shell,重新登录,你 在任何目录下输入velveth或者 velvetg 都可以运行这两个程序了。

ybzhao

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