利用k-mer组装的基因组的软件现在已经很多了，例如soapdenovo，velvet等等。PLoB上已经有不少关于velvet的软件的介绍，今天再次谈谈velvet这个软件，主要是推荐一些velve...
Genomics
Genomics
Genomics
An Intuitive Explanation for Running Velvet with Varying K-mer Sizes
We often run Velvet or other de Bruijn assemblers with varying K-mer sizes (21, 23, 25, 27, etc.) to...
Genomics
MetaVelvet: a short read assember for metagenomics
Velvet是大家所熟知的一款基于二代数据进行基因组组装的软件了，PLoB中也有多篇相关的文章来介绍velvet的安装与使用了。MetaVelvet是否听说过呢。MetaVelvet是一款基于二代数据...
Genomics
Velvet的exp_cov参数介绍
Appropriate choice of the ‘exp_cov’ (expected coverage) parameter in Velvet is very important to get...
Genomics
Format of Velvet Output File ‘Roadmaps’
If you used Velvet genome assembler, you possibly have noticed a file named ‘Roadmaps’ being created...
Genomics
Velvet使用方法及参数介绍
Velvet简单介绍： velvet是一款常用的基因组拼接软件，与soapdenovo一起常用于二代测序数据的处理，相对于soapdenovo拼接的完整性更好。他能同时支持fasta、fastq格式的...
Bioinformatics
第二代测序数据处理工具软件汇总
Integrated solutions * CLCbio Genomics Workbench – de novo and reference assembly of Sanger, Roche F...
Transcriptomics
Velvet and Oases For Transcriptome Assembly(基于转录组进行拼接)
首先要有Linux环境的服务器或PC，推荐最低需求： 64bit Linux System (Rethat, CentOS, Fedora), 4 core CPU processors, 2.26G...
Genomics
velvet安装方法
准备工作 下载velvet (1.105版本) wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.1.05.tgz ./ 解压： tar zxvf ...
Genomics
velvet使用介绍
新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介 目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454，它们都能高通量的...