Genomics基因组组装软件velvet以及参数优化 利用k-mer组装的基因组的软件现在已经很多了,例如soapdenovo,velvet等等。PLoB上已经有不少关于velvet的软件的介绍,今天再次谈谈velvet这个软件,主要是推荐一些velve... 11月21日7,862评论k-mer velvet 阅读全文
GenomicsAn Intuitive Explanation for Running Velvet with Varying K-mer Sizes We often run Velvet or other de Bruijn assemblers with varying K-mer sizes (21, 23, 25, 27, etc.) to... 06月23日1,660评论kmer velvet 阅读全文
GenomicsMetaVelvet: a short read assember for metagenomics Velvet是大家所熟知的一款基于二代数据进行基因组组装的软件了,PLoB中也有多篇相关的文章来介绍velvet的安装与使用了。MetaVelvet是否听说过呢。MetaVelvet是一款基于二代数据... 06月11日2,592评论velvet 基因组组装 阅读全文
GenomicsVelvet的exp_cov参数介绍 Appropriate choice of the ‘exp_cov’ (expected coverage) parameter in Velvet is very important to get... 06月10日1,764评论coverage velvet 阅读全文
GenomicsFormat of Velvet Output File ‘Roadmaps’ If you used Velvet genome assembler, you possibly have noticed a file named ‘Roadmaps’ being created... 06月06日1,635评论k-mer velvet 阅读全文
GenomicsVelvet使用方法及参数介绍 Velvet简单介绍: velvet是一款常用的基因组拼接软件,与soapdenovo一起常用于二代测序数据的处理,相对于soapdenovo拼接的完整性更好。他能同时支持fasta、fastq格式的... 12月16日8,532评论velvet 基因组拼接 阅读全文
Bioinformatics第二代测序数据处理工具软件汇总 Integrated solutions * CLCbio Genomics Workbench – de novo and reference assembly of Sanger, Roche F... 12月12日10,773评论NGS 生物信息 阅读全文
TranscriptomicsVelvet and Oases For Transcriptome Assembly(基于转录组进行拼接) 首先要有Linux环境的服务器或PC,推荐最低需求: 64bit Linux System (Rethat, CentOS, Fedora), 4 core CPU processors, 2.26G... 12月12日4,386评论拼接 转录组 阅读全文
Genomicsvelvet安装方法 准备工作 下载velvet (1.105版本) wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.1.05.tgz ./ 解压: tar zxvf ... 10月17日5,723评论assembly genome 阅读全文
Genomicsvelvet使用介绍 新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介 目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454,它们都能高通量的... 10月17日3,7802assembly genome 阅读全文