转录组测序问题集锦 Transcriptomics

转录组测序问题集锦

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合,转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Ti...
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ChIP-Seq测序深度如何选择? Transcriptomics

ChIP-Seq测序深度如何选择?

ChIP-seq分析过程中,随着测序深度加大,读长数目增多,分析得到的结合位点(‘峰’)的数目也随之增多,但会出现饱和,饱和以后,读长数目增加, ‘峰’的数目基本上不再改变。根据这个规律,为了确定测序...
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Bowtie使用介绍 Transcriptomics

Bowtie使用介绍

Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。...
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