转录组差异表达分析工具Ballgown

Ballgown是分析转录组差异表达的R包。

1、软件安装:

运行R,

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ballgown")

R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包。

2、Ballgown的输入文件

StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件,Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件。

一个有5个输入文件,分别是:

e_data.ctab,外显子水平表达量;

i_data.ctab,内含子水平表达量;

t_data.ctab,转录本水平表达量;

e2t.ctab,外显子与转录本的对应关系;

i2t.ctab,内含子与转录本的对应关系。

3、Tablemaker

tablemaker -p 4 -q -W -G merged.gtf -o sample01_output sample_01/accepted_hits.bam

-p 指定线程数

-q 去冗余

-W 运行模式是tablemaker,而不是Cufflinks模式

-G 指定组装好的GTF文件,这个文件由cuffmerge生成

BAM文件是最后一个参数,这个文件由Tophat生产

4、运行Ballgown

运行R

载入Ballgown包

library(ballgown)

载入数据,并创建一个ballgown项目

bg = ballgown(dataDir=’D:\extdata’, samplePattern=’sample’, meas=’all’)

指定分组,及重复样本数目:

pData(bg) = data.frame(id=sampleNames(bg), group=rep(c(1,0), each=3))

差异表达分析:

stat_results = stattest(bg, feature=’transcript’, meas=’FPKM’, covariate=’group’)

有些地方我写得不是很清楚,有一个英文的Tutorial写得非常好。

https://github.com/alyssafrazee/ballgown

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