转录组组装工具StringTie

StringTie由约翰霍普金斯大学联合德州大学西南医学中心开发,能够组装转录本并预计表达水平。它应用网络流算法和可选的denovo组装,将复杂的数据集组装成转录本。转录组组装工具StringTie

相对于其他拼接软件(Cufflinks, IsoLasso, Scripture,Traph等),StringTie能够拼接出更完整、更准确的基因,并且StringTie采用拼接和定量同步进行,相对于其他方法,其定量结果更加准确。转录组组装工具StringTie

文中指出,对于从人类血液中获得的reads,StringTie正确组装了10,990个转录本,而Cufflinks只组装了7,187个。而对于模拟的数据集,StringTie正确组装了7,559个转录本,比Cufflinks的6,310个提高了20%。此外,它的运行速度也比其他组装软件更快。

软件安装

下载StringTie并解压:

tar zxvf stringtie-1.1.2.Linux_x86_64.tar.gz

将HISAT2目录添加到环境变量:

vi ~/.bashrc

在文件末位添加:

export PATH=/home/chenwen/bin/stringtie-1.1.2.Linux_x86_64:$PATH

保存退出

source ~/.bashrc

StringTie的输入文件

HISAT的输出文件为SAM格式,需要经过两步转换成StringTie可以使用的BAM格式:

1. SAM转BAM,并排序:

samtools view -S -b input.sam | samtools sort – input.sorted

2.修改HI标签:

samtools view -h input.bam | perl -ne ‘if(/HI:i:(d )/) {$m=$1-1; $_ =~ s/HI:i:(d )/HI:i:$m/} print $_;’| samtools view -bS – > input.correct.bam

运行StringTie

stringtie SRR534294.correct.bam -p 16 -G genes.gtf -B -o stout/transcripts.gtf

-p 指定线程数,默认1

-G 指定参考的转录组注释文件

-B 生成用于Ballgown 分析的文件

-o 指定输出文件

更多参数请查看HISAT2的操作手册:

https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual

  • 文章来源: 本文收集自 BioChen生物
  • 版权说明: 除非特殊说明,本站文章版权归于文章来源网站或投稿作者。未标记来源文章,请原作者联系管理员更新版权信息

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen: