一般我们拿到 10x 空间转录组数据分析的结果最先看的肯定是 web_summary 网页报告，因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好，不好的问题在哪里，数据到底能不能用等等。这里来详细介绍...

一：下载安装该软件 去官网下载trinity并解压安装   http://trinityrnaseq.github.io/ 安装非常简单，一个make即可 这个软件比较大，约150M。所以安装需要一会...

1:分析流程图如下 2: 首先就是将样本的reads合并在一起命令如下： cat 1M_READS_sample/*.left.fq > reads.ALL.left.fq cat 1M_REA...

本来搞差异分析的工具和包就一大堆了，而且limma那个包已经非常完善了，我是不准备再讲这个的，正好有个同学问了一下这个包，我就随手测试了一下，顺便看看它跟limma有什么差异没有！手痒了就记录了测试流...

ENCODE项目向我们揭示，人类基因组中超过70%能得到转录，只不过不会发生在同一个细胞里。为了研究如此多样的转录本，研究人员开发了许多技术，其中RNA测序（RNA-seq）是最全面也最有效的。 许多...

DESeq2是比较常用的bulk RNA-seq分析软件，也可以处理类似的ChIP-Seq，shRNA以及质谱数据。DESeq2基于负二项分布的模型对count table进行数据处理，因此需要的输入...

这是跟tophat和cufflinks套装紧密搭配使用的一个R包，能出大部分文章要求的标准化图片。 一：安装并加装该R包 安装就用source(“http://bioconductor.org/bio...

读博那几年，闲着没事就喜欢做各种软件的测试对比。有时候几个转录组样本非得用两三个差异分析方法都做一遍。严谨起来就给它们之间求一个交集，狡猾起来就谁的结果「更好」就用谁（想必你也是这么做的）。 2021...

大家都知道，这十几年来最流行的差异分析软件就是R的limma包了，但是它以前只支持microarray的表达数据。 考虑到大家都熟悉了它，它又发了一个voom的方法，让它从此支持RNA-seq的cou...

差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。 DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类...