转录组cummeRbund操作笔记

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所属分类:Transcriptomics

这是跟tophat和cufflinks套装紧密搭配使用的一个R包,能出大部分文章要求的标准化图片。

一:安装并加装该R包

安装就用source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) ;biocLite(“cummeRbund”)即可,如果安装失败,就需要自己下载源码包,然后安装R模块。

转录组cummeRbund操作笔记220

然后把cuffdiff输出的文件目录拷贝到R的工作目录,或者自己设置工作目录

 

二:读取FN目录下面的所有文件。

转录组cummeRbund操作笔记239

可以看到把cuffdiff下面的文件夹所有的文件都读取到了,里面有如下文件,包括genes,isoforms,cds,tss这四种差异情况都读取了。

转录组cummeRbund操作笔记316

 

三:表达水平分布图

转录组cummeRbund操作笔记328

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四、表达水平箱线图

csBoxplot(genes(cuff_data))

转录组cummeRbund操作笔记371
五、画基因表达差异热图

转录组cummeRbund操作笔记386

画出热图如下

转录组cummeRbund操作笔记396

 

六、得到差异的genes,isoforms,TSS,CDS等等

 

  • 得到上调下调基因列表

diffData

转录组cummeRbund操作笔记430

转录组cummeRbund操作笔记474

 

只有一百个有表达差异的基因

转录组cummeRbund操作笔记490

最后贴出一个综合性的代码,算了,太浪费空间了,把整个空间搞得不好看,就不贴了。

这个代码可以自动运行出图;

转录组cummeRbund操作笔记3781

 

原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/271.html

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