一、 转录组测序概述 转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA（转录本）的集合，包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA， 非编码RNA又包括：tRNA，rRNA，snoRNA...

在利用RNA-seq数据比较分析两个样品中同一个基因是否存在差异表达的时候，一般选取两个标准： i）FoldChange FoldChange，很容易理解了。就是两样品中同一个基因表达水平的变化倍数。...

给大家推荐一款最新在Nucleic Acids Research上发表的基于转录组数据分析可变剪接的软件。下面是官方网扎你上的介绍。 MATS is a computational tool to d...

利用转录组测序如何研究选择性剪接规律? 答：在真核生物中，选择性剪接现象普遍存在。基因转录形成的mRNA前体（pre-mRNA）在剪接过程中因去掉不同的内含子区域或保留不同的外显子区域，可形成不同的剪...

Since version 2.3, newbler has a -cdna option for de novo transcriptome assembly. In this post, I’ll...

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合，转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Ti...

染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）是指对染色质免疫共沉淀（ChIP）获得的DNA片段进行大规模测序，并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。 Roche GS FLX Titaniu...

ChIP-seq分析过程中，随着测序深度加大，读长数目增多，分析得到的结合位点（‘峰’）的数目也随之增多，但会出现饱和，饱和以后，读长数目增加， ‘峰’的数目基本上不再改变。根据这个规律，为了确定测序...

以下是官方对Sashimi-plot的简单介绍： Sashimi-plot is a utility for automatically producing publication-quality p...

Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。...