利用BankIt向NCBI提交序列方法

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所属分类:Bioinformatics

NCBI提交序列常用的程序有两个,一个是在线提交的BankIt,一个是用软件Sequin。用哪种办法,根据不同的需要。

BankIt:(在线提交页面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt/index.html)

  • 适合单个或少量几个的提交
  • 喜欢用在线的方式提交,无需下载个软件
  • 你的序列的注释不复杂
  • 提交你的序列时不需要用到序列的分析

Sequin(下载页面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html)

  • 提交的是批量而且比较复杂的序列
  • you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets
  • 喜欢图形的界面,有更的选项和功能,可以批量修改
  • 获得相关的分析工具

这里简单介绍一下在线提交序列程序BankIt,Sequin也是大同小异的。

1,打开GenBank

genbank

2,进入Submit to GenBank

genbank2

3,左边出现几个工具的选择,点击BankIt。在BankIt提交页面的最下面,填上你要提交的序列的长度,点New

bankit

4,点New后,会生成一个bankit号,记住这个号。下面根据需要填写一些必需的内容。名字和序列

bankit2

5,填好资料后,可以在本地保留一份备份。如果确认无误,再提交数据(Validate and continue)

bankit3

6,万一填的资料有误或者漏填。其中有一个error提醒。其中姓名,电话,Email,序列等都是必须的。

bankit4

最后NCBI会给您发个邮件,一般在1到2周会有NCBI会处理数据,有问题会继续给你发邮件通知。如果没问题,一般一个月内就会得到Accession Number。如果是用Sequin,填好资料过程中可以随时保存,最后你只需把最后确认的文件向NCBI发封邮件就可以了。

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