Circos入门教程

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所属分类:Bioinformatics

安装前的一些准备

  • Config::General
  • File::Basename
  • File::Spec::Functions
  • GD
  • GD::Polyline
  • Getopt::Long
  • IO::File
  • List::Util
  • Math::Bezier
  • Math::BigFloat
  • Math::Round
  • Math::VecStat
  • Memoize
  • Params::Validate
  • Pod::Usage
  • Readonly
  • Set::IntSpan
  • Regexp::Common

首先,Circos是基于perl的,所以无论是linux还是windows都要求先装上perl,由于我通常工作都是在win下面进行,所以这次以在win下面安装为例。

我选择Strawberry Perl:http://strawberryperl.com/

在win下面安装可以少一些痛苦。一切默认安装进行,OK。

比较痛苦的是为Perl安装各种模块,官方要求的模块就包括以下:

安装过程中发现还要再安装

不幸中的万幸,Strawberry提供了一个CPAN Client的命令行界面,可以在线下载并安装,具体命令就是三步曲:

get Config::General

make Config::General

install Config::General

Anyway,把以上的都装好之后,就可以进入下一步了。

Circos的安装

首先将Circos的安装包(circos-0.54.tgz)下载下来: http://mkweb.bcgsc.ca/circos/software/download/

所谓的安装其实很简单,就是把压缩包直接解压到你想要安装的路径即可。

Circos的基本工作流程

在画图之前有必要先介绍一下Circos的基本工作流程。Circos的配置文件circos.conf对程序的运行有着决定性的作用,里面定义着Circos工作的各种参数,主要包括画图的类型,颜色,字体,IO File的路径等等。

当然,data对于Circos也非常重要,Circos读入的data都是文本文件,格式是每行:

chr start end value [options]

value一般是颜色,也可能是文字(作为标签),详细定义请参见 : http://mkweb.bcgsc.ca/circos/tutorials/lessons/2d_tracks/connectors/configuration

另外,Circos的安装包里的data目录下有各种data文件可供测试。

用Circos来画出你的第一个基因组图谱

首先命令行cd到Circos的安装目录下:

cd circus-x.xx

下面采用tutorials里面的一个例子来作图:

perl .\bin\circos -conf .\tutorials\5\1\circos.conf

如果界面在一阵数据刷屏之后显示:

created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.png

created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.svg

Circos入门教程

那么你的作图就成功了,当然你也可以打开.\tutorials\5\1\circos.conf去修改里面的参数。

最后希望你能够通过上面简单的介绍,对Circos能有个轻松的入门。如果你还想深入学习,那么就要仔细的自己去看tutorial了。

ybzhao

发表评论

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目前评论:7   其中:访客  6   博主  1

    • sciencewu sciencewu 0

      这个不错,有没有想过翻译一下manual呢

      • Meow Meow 0

        “在win下面安装可以少一些痛苦。一切默认安装进行,OK。”
        这真是最搞笑的一句话。

          • 三高的双方各 三高的双方各 0

            @Meow 傻逼,怎么搞笑了

          • House_built House_built 0

            本人在Windows XP系统下装的最近Perl和circos,测试例子时提示我安装Statistics::Basic这个包,make Statistics::Basic这个包时又提示Number::Format(request),install Number::Format却报错
            t/locale.t………..1/? Invalid sep_by_space value at t/locale.t line 77.
            #Looks like your test exited with 255 just after 5.
            t/locale.t ………..Dubious,test returned 255 (wstat 65280,0xff00)求教这个问题该怎么解决

              • 辉仔 辉仔 0

                @House_built 您用的是0.67版本吧?版本太高了,Win8.1和Win7系统我试了一天都不兼容,跟你遇到的问题相同,跟别说你的XP系统了。我换了低版本0.64,貌似我是运行出来案例了

                • 羽石 羽石 0

                  @House_built 删除 locale.t 并执行 install Number::Format,
                  然后 make&install Statistics::Basic。