基因数据库下载

  • A+
所属分类:Bioinformatics

下面是Ensembl上的基因数据库下载,主要是哺乳动物,包括基因组序列,核酸序列,蛋白序列,及这些序列在EMBL和NCBI上的注释,还有提供的MYSQL数据库文件,并对物种名称做了一下简单的翻译,方便查找。如果要查找更详细的情况,可以直接上EMBL的网站。

Translate Species DNA cDNA ncRNA Protein sequence Annotated sequence (EMBL) Annotated sequence (GenBank) Gene sets
Human
Homo sapiens
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
小鼠 Mouse
Mus musculus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
斑马鱼 Zebrafish
Danio rerio
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
羊驼 Alpaca
Vicugna pacos
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
变色龙 Anole lizard
Anolis carolinensis
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
穿山甲 Armadillo
Dasypus novemcinctus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
丛猴 Bushbaby
Otolemur garnettii
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
玻璃海鞘 C.intestinalis
Ciona intestinalis
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
萨氏海鞘 C.savignyi
Ciona savignyi
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
线虫 Caenorhabditis elegans
Caenorhabditis elegans
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
Cat
Felis catus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
Chicken
Gallus gallus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
黑猩猩 Chimpanzee
Pan troglodytes
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
中国鳖 Chinese softshell turtle
Pelodiscus sinensis
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
鳕鱼 Cod
Gadus morhua
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
腔棘鱼 Coelacanth
Latimeria chalumnae
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
奶牛 Cow
Bos taurus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
Dog
Canis lupus familiaris
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
海豚 Dolphin
Tursiops truncatus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
Elephant
Loxodonta africana
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
雪貂 Ferret
Mustela putorius furo
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
果蝇 Fruitfly
Drosophila melanogaster
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
河豚 Fugu
Takifugu rubripes
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
长臂猿 Gibbon
Nomascus leucogenys
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
大猩猩 Gorilla
Gorilla gorilla gorilla
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
豚鼠 Guinea Pig
Cavia porcellus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
刺猬 Hedgehog
Erinaceus europaeus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
Horse
Equus caballus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
蹄兔 Hyrax
Procavia capensis
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
长鼻袋鼠 Kangaroo rat
Dipodomys ordii
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
七鳃鳗 Lamprey
Petromyzon marinus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
小刺猬猬 Lesser hedgehog tenrec
Echinops telfairi
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
猕猴 Macaque
Macaca mulatta
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
狨猴 Marmoset
Callithrix jacchus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
青鳉 Medaka
Oryzias latipes
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
狐蝠科 Megabat
Pteropus vampyrus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
蝙蝠 Microbat
Myotis lucifugus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
鼠狐猴 Mouse Lemur
Microcebus murinus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
负鼠 Opossum
Monodelphis domestica
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
猩猩 Orangutan
Pongo abelii
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
熊猫 Panda
Ailuropoda melanoleuca
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
Pig
Sus scrofa
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
鼠兔 Pika
Ochotona princeps
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
剑尾鱼 Platyfish
Xiphophorus maculatus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
鸭嘴兽 Platypus
Ornithorhynchus anatinus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
Rabbit
Oryctolagus cuniculus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
大鼠 Rat
Rattus norvegicus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
酿酒酵母 Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
鼩鼱 Shrew
Sorex araneus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
树懒 Sloth
Choloepus hoffmanni
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
松鼠 Squirrel
Ictidomys tridecemlineatus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
棘鱼 Stickleback
Gasterosteus aculeatus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
眼镜猴 Tarsier
Tarsius syrichta
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
袋獾 Tasmanian devil
Sarcophilus harrisii
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
Tetraodon
Tetraodon nigroviridis
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
罗非鱼 Tilapia
Oreochromis niloticus
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
树鼩 Tree Shrew
Tupaia belangeri
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
火鸡 Turkey
Meleagris gallopavo
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
袋鼠 Wallaby
Macropus eugenii
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
非洲爪蟾蜍 Xenopus
Xenopus tropicalis
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  
斑胸草雀 Zebra Finch
Taeniopygia guttata
  FASTA     FASTA     FASTA     FASTA     EMBL     GenBank     GTF  

原文来自:http://bioinformation.cn/?p=279

avatar

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen: