在制备测序文库时，经常会增加PCR的步骤来扩增DNA片段。如何评估PCR的效果和影响，本文主要分享ENCODE中针对ChIP-Seq和ATAC-Seq标准来说明。 ENCODE中主要通过三个参数来反应...
评估测序文库复杂度 Library Complexity
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WGS,WES,RNA-Seq与ChIP-seq之间的异同
全外显子(Whole-exome sequencing)测序是啥？转录组(RNA-seq)测序是啥？ChIP-seq又是啥？它们之间有什么差别么？傻傻分不清，不用怕，多学习下就会了，下面让我们一起来从...
测序中加入Phix的作用
测序建库的时候，会加入一定比例的Phix，那么Phix文库有什么作用呢，我转了两篇文章，方便大家理解。Phix文库最主要的目的1）是调节碱基平衡，改善测序仪的空间校正，便于后期提高base calli...
从课题设计到文章发表——临床医生的基因组学科研管家
为全程协助临床医生开展基因组学科研项目，千年基因专门针对临床医生推出了全方位的基因组学项目解决方案，从最初的课题设计、经费申请开始，到提供专业测序分析及结果验证，并最终至科研文章的发表提供全程支持...
如何去除二代测序数据中的PCR duplication
最近听闻前公司和另一家公司A因为一个项目中二代测序数据PCR duplication的问题在扯皮。前公司比较两对Paired-end reads的第8~113bp区间内碱基是否完全相同（PE150）；...
大数据与生命科学
原文来自《生命科学研究快报》，游文娟 编译 编者按： 2014年6月13日，《科学》杂志刊载了一篇由美国科学促进会（AAAS）科技出版顾问Mike May撰写的一篇题为“Big Biological ...
PacBio：你了解多少？
原文作者：陈巍学基因; 原文标题《PacBio单分子超长测序》部分图片PLoB有修改 测序原理： 1. 用4种荧光分别标记4种dNTP 2. 在测序芯片的底部做出许多用与入射光波长相应的小孔，特定的孔...
如何检测超低频突变？
肿瘤是高度异质性的，其中致病突变可能以极低比例存在，比如allel frequency< 0.1%~0.01%，甚至更低。而目前最准的Hiseq测序本身的单个碱基的错误率就在0.2%左右，再加上...
Illumina Hiseq 2500型和2000型测序仪的比较
仪器升级： Hiseq 2500是Hiseq 2000的升级版。 其主要的改进点是：Hiseq 2500可以在快速、高通量两种模式之间切换。高通量模式就是原来的Hiseq2000的每张Flowcell...
单细胞测序技术概览
2013年，单细胞测序技术开始成为科研界主流关注的焦点。 前言 2013年，单细胞测序技术（single-cell sequencing）荣膺《自然-方法》年度技术。单细胞测序技术有助于我们剖析细胞的...