Illumina Hiseq 2500型和2000型测序仪的比较

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所属分类:Advance

仪器升级:

Hiseq 2500是Hiseq 2000的升级版。

其主要的改进点是:Hiseq 2500可以在快速、高通量两种模式之间切换。高通量模式就是原来的Hiseq2000的每张Flowcell有8个Lane的模式。

Hiseq 2500的快速模式,核心的改进是用2个Lane的Flowcell来测序,而且这种快速Flowcell的Lane比Hiseq 2000的Lane要短,数据产量也略低于高通量模式的2条Lane。

测序速度提升:

Hiseq高通量模式,PE100,双Flowcell,11天完成测序。数据量每Flowcell在270G PF data以上。

Hiseq快速模式,PE100,双Flowcel,27小时完成测序。数据量每Flowcell在60G PF data以上。

​每张Flowcell的数据产量下调之后,使得用户要凑够一张Flowcell上机样本量的准备时间大大缩减。这简接地提升了测序的速度,缩短的程度可能是从原来一个月的凑样时间缩短到一周,甚至几天。

测序速度的加快对于临床诊断、疾病预防之类的检测有巨大的意义。

数据质量提升:

在快速模式下,Hiseq机器可以更快地拍完一个cycle的所有照片,也就是每个cycle的用时更少。SR50可以在1天内走完,PE100可以在27小时内走完。这明显比原来的SR50要3天、PE100要11天来得快得多。

在速度加快的同时,还带来质量的提升。因为Hiseq测序过程中有两个主要的物质:酶和荧光剂,而这两者都是在常温下不稳定的,或者说是在融化后(原来是冰冻保存的)随放置的时间延长而不断降解(为此Hiseq还为试剂内置了4度小冰箱,以减慢其降解)。

原来的Hiseq 2000要走11天,现在快速模式27小时完成,这带来了明显的测序质量提升。

实测哺乳类动物的基因组DNA文库, Q30比例可以达到90%以上。

测长提升:

因为测序质量的提升,也带动测序长度的提升,目前Illumina官方支持的Hiseq2500的测长是PE 2*150。

特别需要注意的,Illumina目前不直接提供PE150的试剂,客户要用1*PE Cluster kit + 1*PE100 SBS kit + 2*SR50 SBS kit合并起来,才能测PE150。

容纳更多文库:

Hiseq 2500的快速模式试剂直接支持双Index测序模式,也就是测216个cycles。

双Index是指两个接头各有一个Index。这样两套Index排列组合,一个Lane里可以放更多的文库。目前Illumina官方试剂是支持96个排列组合( 12*8 = 96),这对充分利用Hiseq平台巨大的测序数据产量有很大的帮助。原来的单Index是支持单侧24种Index。

Hiseq PE100高通量模式标准PE100试剂只能测单Index。因为双Index会实际需要216cycles, 这超过了200 cycle SBS标准试剂可以保证的cycle数(208 cycles)。

当然,Hiseq2000b也可以测双Index,但是要用4个50cycles SBS kit(每Kit保证58个cycles)拼起来(58*4=232 cycles),才可以保证有足够的SBS试剂量。

仪器操作更方便:

Hiseq 2500快速模式可以直接在Hiseq仪上进行Cluster生成,这比起高通量模式是省事得多。高通量模式要在cBOT上生成Cluster,接着再要将Flowcell从cBOT上移到Hiseq,再在Hiseq上操作一遍。

但是请注意,如果直接在Hiseq 2500上生成cluster,两条Lanes就只能上一种预混合文库,而不能象原来的Hiseq 高通量模式上那样,8条Lanes物理分开。也就是说预混合文库中的各个文库的Index一定是要分得开的才行。

当然,快速模式也可以还用cBOT生成cluster,但是那要另外买一个编号为CT-402-4001(全名:TruSeq®Rapid Duo cBot™ Sample Loading Kit )的试剂盒,这个试剂盒要好几百美元。将直接增加额外的测序成本。

试剂操作更方便:

Hiseq 2500快速模式的试剂是做成MasterMix的,也就是酶、Buffer、荧光dNTP等都预先混合好了,一大管,拿来一化冻就可以用,很方便。

而高通量模式试剂把酶、荧光dNTP分几管的,所以使用之前还要人工再混合,这样会多占用一点人工。

Hiseq 2500仪器更贵:

据公开资料,Hiseq 2500的报价比Hiseq2000的贵5~8万美元(不同国家略有差异)。Hiseq2500的美国报价是74万美元,Hiseq 2000的美国报价是69万美元。请参见参考资料(下有链接)。

快速模式的试剂更贵:

把试剂的价格分摊到其所产生的每个G的数据,快速模式比高通量模式的大约贵了15~40%。

Hiseq 2500的两个机位同时只能运行一种模式:

Hiseq 2500在一台机器的两个机位同时只能跑同一种模式,也就是要么都跑快速模式,要么都跑高通量模式,而不能一个机位跑快速模式,另一个机位同时跑高通量模式。

总之

Hiseq 2500是Hiseq的一个重要升级,升级后:更快、更准、更长、更方便、更高效(容纳更多文库),同时也略贵一些。

原文来自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_53e7471b0101bqw2.html

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    • zhtiantao zhtiantao 0

      学习了