宏基因组binning-CONCOCT Genomics

宏基因组binning-CONCOCT

Binning分析指把宏基因组中不同个体微生物序列分开,使得同一类序列聚集在一起的过程,其中常见的是同种菌株的序列聚类在一起。进行binning分析可以宏基因组数据中复杂的功能信息定位到菌株水平,方便...
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使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv Genomics

使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv

cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况,首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值,然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况。 该软件使用比较复...
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单细胞测序方法比较 Genomics

单细胞测序方法比较

导读 在单细胞研究的大潮中,新的测序方法层出不穷。不过,很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队,在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单...
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如何做生存分析? Genomics

如何做生存分析?

生存分析是医学领域常见的分析方法,也可以拓展到其他专业领域。这篇帖子的目的就是介绍怎么做生存分析,希望能对临床医学的同学提供一定帮助。 简明扼要地讲,生存分析的目的无外乎六个字:描述、比较、关系。 1...
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bedtools 使用小结 Genomics

bedtools 使用小结

概述 BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或...
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ANNOVAR 注释软件 Genomics

ANNOVAR 注释软件

ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不...
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用annovar对snp进行注释 Genomics

用annovar对snp进行注释

一、下载及安装软件 这个软件需要edu邮箱注册才能下载,可能是仅对科研高校开放吧。所以软件地址我就不列了。 它其实是几个perl程序,比较重要的是这个人类的数据库,snp注释必须的。 参考:http:...
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