生存分析是医学领域常见的分析方法，也可以拓展到其他专业领域。这篇帖子的目的就是介绍怎么做生存分析，希望能对临床医学的同学提供一定帮助。 简明扼要地讲，生存分析的目的无外乎六个字：描述、比较、关系。 1...
如何做生存分析?
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Illumina测序数据的质量控制
我们先来看一下不同平台数据格式： 1. 产出数据格式 Solexa—fastq 2. 产出数据格式 454—fasta 测序读长即每条测序读断的长度，所有平时大家叫的read...
测序中加入Phix的作用
测序建库的时候，会加入一定比例的Phix，那么Phix文库有什么作用呢，我转了两篇文章，方便大家理解。Phix文库最主要的目的1）是调节碱基平衡，改善测序仪的空间校正，便于后期提高base calli...
bedtools 使用小结
概述 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或...
ANNOVAR 注释软件
ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不...
annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程
部分翻译：Hui Y, Kai W. Genomic variant annotation and prioritization with ANNOVAR and wANNOVAR[J]. Natur...
用annovar对snp进行注释
一、下载及安装软件 这个软件需要edu邮箱注册才能下载，可能是仅对科研高校开放吧。所以软件地址我就不列了。 它其实是几个perl程序，比较重要的是这个人类的数据库，snp注释必须的。 参考：http:...
KM法生存分析（SPSS教程）
一、问题与数据 研究者对长期吸烟的人进行戒烟干预，三种干预措施分别为：① hypnotherapy programme – 催眠疗法；② nicotine patches – 尼古丁贴片；③ e-ci...
GEO数据做生存分析
一、数据下载 打开GEO，选择GSE17538 数据，然后下载MINiML。 二、格式转化 然后导入GEO_Convert.exe 工具。 导出样本信息数据和数据矩阵。 三、格式修改（可以防止踩大坑）...
关于人类参考基因组的一些认识
1. 如何选择参考基因组？——李恒2017年年底博客 1.1 三种选择 如果比对到GRCh37/hg19，使用： ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ft...