用annovar对snp进行注释 Genomics

用annovar对snp进行注释

一、下载及安装软件 这个软件需要edu邮箱注册才能下载,可能是仅对科研高校开放吧。所以软件地址我就不列了。 它其实是几个perl程序,比较重要的是这个人类的数据库,snp注释必须的。 参考:http:...
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GEO数据做生存分析 Genomics

GEO数据做生存分析

一、数据下载 打开GEO,选择GSE17538 数据,然后下载MINiML。 二、格式转化 然后导入GEO_Convert.exe 工具。 导出样本信息数据和数据矩阵。 三、格式修改(可以防止踩大坑)...
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基因组组装软件SOAPdenovo安装使用 Genomics

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用

一.下载并安装这个软件 下载地址进下面,但是下载源码安装总是很困难,我直接下载bin文件可执行程序。 解压进入目录 首先make 然后make install即可 安装总是失败,我也不知道怎么回事,懒...
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对应不同版本基因名称 Genomics

对应不同版本基因名称

在做生物信息分析的时候经常会遇到一种尴尬的问题就是不同来源或者版本的注释文件里面,基因名称不一致。譬如P53,其实它的标准名称为TP53。CXCR4的曾用名有一堆,CD184, D2S201E, FB...
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