Genomics

本地安装UCSC基因组浏览器

CSC基因组浏览器在大规模高通量数据的可视化和比较分析研究中发挥着重要的作用。拥有了本地浏览器,就可以对自己的测序数据进行更深入的分析和共享使用。本文详细介绍了如何一步步在本地安装、配置、高级使用UC...
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Genomics

Seq logo 在线绘制工具——Weblogo

seqlogo图可以直观清晰的反应序列偏好特征,每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性,每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。这种表现方式对研究转录因子结合、RNA修饰等...
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Genomics

GATK4基本概念整理

GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写,是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件,是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外...
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Genomics

如何挑选宏基因组样本

在做完16S、18S或ITS等微生物多样性研究后,我们常常还会想进一步了解微生物群落的功能。通常情况下,会采用宏基因组、宏转录组或宏代谢组等方法深入分析,但相对于扩增子测序,宏基因组等测序手段的价格还...
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Genomics

SMRT Analysis软件安装

pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来,做成了一个在线的分析软件,类似于galaxy; 安装过程如下,参考官网给的指导手册 http://www.pacb.com/wp-content/uplo...
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Genomics

Browse基因浏览器介绍

日常工作的窘境 谈基因浏览器的必要性,不需要扯“各种基因组序列以及高通量测序数据爆炸性增长,满足基因组可视化、大规模基因组数据分析和应用需要”这些有的没的,只需要从日常实际需求出发就可以。 在日常数据...
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