PGAP:泛基因组自动化分析的pipeline

PGAP(Pan-Genomes Analysis Pipeline) 是一款用于原核生物泛基因组学分析的自动化软件。它主要包括以下五大功能:

  • 功能基因的聚类:根据序列相似性,将所有细菌中的功能基因按功能聚类成不同的基因簇;
  • 泛基因组特征分析:拟合细菌的泛基因组特征曲线以及分析泛基因组开放、闭合特征
  • 功能基因的遗传变异分析:分析所有功能基因中突变、插入删除位点
  • 物种演化分析:基于核心基因中的SNP位点信息和基因簇的有无,分析细菌的演化关系
  • 基因簇的功能富集分析:根据COG分类,分析不同保守程度基因簇的功能富集特征

PGAP软件可以用于研究细菌的演化分析、探索病原菌致病机制、流行病学研究等等。

论文介绍:

With the rapid development of DNA sequencing technology, increasing bacteria genome data enable the biologists to dig the evolutionary and genetic information of prokaryotic species from pan-genome sight. Therefore the high-efficiency pipelines for pangenome analysis are mostly needed. We have developed a new pan-genome analysis pipeline (PGAP), which can perform five analytic functions with only one command, including cluster analysis of functional genes, pan-genome profile analysis, genetic variation analysis of functional genes, species evolution analysis and function enrichment analysis of gene clusters. PGAP’s performance has been evaluated on 11Streptococcus pyogenes strains.

下面是该软件的工作流程图:

PGAP:泛基因组自动化分析的pipeline

该软件可以从 http://pgap.sourceforge.net/ 免费下载。

相关论文:

Yongbing Zhao, Jiayan Wu, Junhui Yang, Shixiang Sun, Jingfa Xiao and Jun Yu. PGAP: Pan-Genomes Analysis Pipeline. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/29/bioinformatics.btr655.abstract

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